144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3241 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  63.29 
 
 
579 aa  659  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  100 
 
 
587 aa  1187  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  51.19 
 
 
609 aa  587  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  41.96 
 
 
605 aa  430  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  2.40824e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  45.2 
 
 
565 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  42.17 
 
 
557 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  41.57 
 
 
537 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.56367e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  42.28 
 
 
558 aa  394  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  38.68 
 
 
516 aa  375  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0621  KpsD protein  37.05 
 
 
606 aa  352  8e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  37.7 
 
 
603 aa  340  6e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02766  hypothetical protein  36.91 
 
 
558 aa  339  9e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  3.32683e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02816  KpsD protein  36.91 
 
 
558 aa  339  9e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.3482e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3221  polysialic acid capsule transport protein KpsD  36.72 
 
 
558 aa  337  3e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.364488  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  37.33 
 
 
552 aa  324  2e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  36.87 
 
 
552 aa  323  4e-87  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  36.27 
 
 
552 aa  321  2e-86  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  36.67 
 
 
552 aa  321  2e-86  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  35.43 
 
 
606 aa  322  2e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  24.55 
 
 
576 aa  144  6e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  25.14 
 
 
947 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  33.62 
 
 
948 aa  108  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  31.32 
 
 
940 aa  106  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  26.86 
 
 
803 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  31.33 
 
 
869 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  30.29 
 
 
869 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  28.77 
 
 
852 aa  101  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  26.62 
 
 
779 aa  101  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  29.67 
 
 
922 aa  99  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  31.16 
 
 
849 aa  98.6  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  28.79 
 
 
833 aa  97.8  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  26.18 
 
 
869 aa  97.8  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  29.15 
 
 
912 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  22.58 
 
 
791 aa  96.3  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.46 
 
 
920 aa  96.3  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  24.84 
 
 
812 aa  95.9  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  30 
 
 
910 aa  95.1  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  33.52 
 
 
827 aa  94.7  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  29.51 
 
 
915 aa  94.4  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  24.24 
 
 
977 aa  94  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  24.27 
 
 
823 aa  93.6  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  30.16 
 
 
800 aa  93.2  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  30.34 
 
 
919 aa  93.2  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  30.16 
 
 
877 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  30.77 
 
 
936 aa  93.2  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  29.21 
 
 
920 aa  93.2  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  23.41 
 
 
800 aa  93.2  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  30.43 
 
 
931 aa  93.2  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  26.88 
 
 
952 aa  92.8  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  29.63 
 
 
875 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  30.16 
 
 
877 aa  92.4  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  27.64 
 
 
921 aa  91.3  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  23.82 
 
 
830 aa  91.3  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  24.42 
 
 
580 aa  90.9  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  5.41966e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  33.71 
 
 
781 aa  90.1  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  26.91 
 
 
828 aa  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  26.21 
 
 
828 aa  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  24.45 
 
 
830 aa  89.7  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  26.62 
 
 
834 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  29.03 
 
 
919 aa  89  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  30.43 
 
 
1055 aa  88.2  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  25.18 
 
 
753 aa  86.3  1e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  22.47 
 
 
846 aa  84.3  5e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  29.5 
 
 
824 aa  84  8e-15  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  23.5 
 
 
897 aa  81.6  3e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  25.22 
 
 
833 aa  78.6  3e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  3.3468e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  23.27 
 
 
478 aa  77.4  7e-13  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  31.15 
 
 
387 aa  72  3e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  27.39 
 
 
828 aa  71.2  5e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  30.27 
 
 
379 aa  69.7  1e-10  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  26.47 
 
 
837 aa  70.1  1e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  2.8911e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  28.03 
 
 
837 aa  68.9  3e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  28.03 
 
 
837 aa  68.9  3e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  23.74 
 
 
568 aa  67  1e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  29.19 
 
 
388 aa  65.9  2e-09  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  30.18 
 
 
473 aa  65.5  3e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  22.63 
 
 
700 aa  63.9  7e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  28.92 
 
 
358 aa  59.7  2e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  27.85 
 
 
700 aa  58.5  3e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  27.54 
 
 
508 aa  58.2  4e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4819  polysaccharide export protein  31.87 
 
 
200 aa  58.2  4e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  33.04 
 
 
425 aa  57.8  6e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1061  polysaccharide export protein  26.29 
 
 
478 aa  57  9e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167243  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  24.71 
 
 
495 aa  57  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4816  polysaccharide export protein  29.08 
 
 
253 aa  56.6  1e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  24.12 
 
 
495 aa  56.2  2e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  27.22 
 
 
703 aa  55.5  3e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1525  polysaccharide export protein  24.06 
 
 
243 aa  55.1  4e-06  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5609  polysaccharide export protein  28.83 
 
 
419 aa  53.9  9e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  25 
 
 
362 aa  53.5  1e-05  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1013  hypothetical protein  27.84 
 
 
191 aa  52.8  2e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.528873  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1482  polysaccharide export protein  28.47 
 
 
270 aa  52.8  2e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.242862  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1538  GumB protein  27.74 
 
 
249 aa  52.4  3e-05  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2920  polysaccharide export protein  30.71 
 
 
185 aa  50.8  6e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.157284 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1444  polysaccharide export protein  23.81 
 
 
252 aa  50.4  9e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4502  polysaccharide export protein  27.27 
 
 
455 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.317742 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1658  polysaccharide export protein  25.62 
 
 
277 aa  49.7  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00056738  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4134  polysaccharide export protein  27.27 
 
 
455 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.285347  normal  0.57622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3287  polysaccharide export protein  23.43 
 
 
492 aa  49.7  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3831  hypothetical protein  27.03 
 
 
243 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145159  normal  0.393051 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>