More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3236 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 711 aa  1452    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  40.9 
 
 		 733 aa  484  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  42.17 
 
 		 752 aa  467  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  29.66 
 
 		 696 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  26.48 
 
 		 686 aa  173  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  28.48 
 
 		 681 aa  171  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  31.03 
 
 		 797 aa  162  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  30.24 
 
 		 794 aa  157  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  24.51 
 
 		 780 aa  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  25 
 
 		 745 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  24.47 
 
 		 720 aa  151  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  31.94 
 
 		 763 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  25.43 
 
 		 654 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  25.27 
 
 		 654 aa  148  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  25.27 
 
 		 650 aa  148  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  32.31 
 
 		 829 aa  146  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  30.82 
 
 		 779 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.9 
 
 		 776 aa  143  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  32.34 
 
 		 833 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  23.18 
 
 		 775 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 784 aa  142  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  28.37 
 
 		 756 aa  142  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  31.8 
 
 		 805 aa  142  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  22.93 
 
 		 775 aa  139  2e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  28.89 
 
 		 803 aa  139  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  30.87 
 
 		 819 aa  139  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 801 aa  137  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  23.11 
 
 		 733 aa  136  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  31.99 
 
 		 767 aa  134  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.15 
 
 		 810 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 781 aa  130  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  22.32 
 
 		 751 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 781 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  23 
 
 		 799 aa  129  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  23.43 
 
 		 773 aa  128  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.12 
 
 		 740 aa  127  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  28.72 
 
 		 751 aa  126  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  30.59 
 
 		 774 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.82 
 
 		 635 aa  126  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  28.65 
 
 		 736 aa  125  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  30.6 
 
 		 793 aa  124  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  28.08 
 
 		 702 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  32.66 
 
 		 584 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  29.34 
 
 		 793 aa  122  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  32.66 
 
 		 584 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 		 766 aa  120  9e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1698  type II/III secretion system protein  30.56 
 
 		 406 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 750 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  33.69 
 
 		 653 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 757 aa  119  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 		 640 aa  118  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 		 640 aa  117  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  27.15 
 
 		 640 aa  117  7.999999999999999e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  25.49 
 
 		 641 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  25.16 
 
 		 787 aa  116  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 660 aa  116  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  23.12 
 
 		 728 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  28.34 
 
 		 757 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.53 
 
 		 804 aa  114  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  28.52 
 
 		 772 aa  114  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  27.9 
 
 		 717 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  24.51 
 
 		 812 aa  114  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  27.19 
 
 		 805 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  25.17 
 
 		 738 aa  113  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  22.78 
 
 		 750 aa  113  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  22.88 
 
 		 662 aa  113  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  31.99 
 
 		 584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.47 
 
 		 630 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  26.45 
 
 		 783 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  22.06 
 
 		 689 aa  111  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  23.97 
 
 		 640 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  25.66 
 
 		 753 aa  110  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  29.33 
 
 		 705 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  31.8 
 
 		 656 aa  109  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  31.65 
 
 		 650 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  26.6 
 
 		 771 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  26.92 
 
 		 803 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  26.71 
 
 		 777 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.55 
 
 		 696 aa  108  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  26.3 
 
 		 744 aa  107  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.03 
 
 		 636 aa  107  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  27.18 
 
 		 807 aa  107  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  28.37 
 
 		 670 aa  107  8e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  28.85 
 
 		 747 aa  107  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  27.85 
 
 		 640 aa  107  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  27.84 
 
 		 1421 aa  107  9e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  29.51 
 
 		 783 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  27.16 
 
 		 780 aa  106  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  29.1 
 
 		 704 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  28.67 
 
 		 705 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  27.01 
 
 		 781 aa  105  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  26.52 
 
 		 775 aa  105  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  32.72 
 
 		 734 aa  105  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  22.35 
 
 		 648 aa  104  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  24.17 
 
 		 681 aa  104  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  29.24 
 
 		 706 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>