253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3147 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3147  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
213 aa  440  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0321619  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02996  pyridoxine 5-phosphate oxidase  59.05 
 
 
212 aa  268  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.548346  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001014  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.95 
 
 
211 aa  252  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07092  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.52 
 
 
211 aa  246  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0163  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.14 
 
 
211 aa  244  7e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.265005  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1702  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.81 
 
 
212 aa  243  1e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1726  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.24 
 
 
232 aa  241  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.230905  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2606  pyridoxal 5'-phosphate synthase  57.01 
 
 
213 aa  241  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397088  normal  0.714763 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2258  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
212 aa  240  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.182808  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1991  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
218 aa  239  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0105907 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2002  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
218 aa  239  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000269962  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01608  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
218 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01598  hypothetical protein  54.46 
 
 
218 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1714  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
218 aa  239  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1626  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
212 aa  238  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0502858 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2350  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.99 
 
 
218 aa  238  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0623202  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1649  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.4 
 
 
212 aa  238  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2277  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.87 
 
 
212 aa  238  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  8.58541e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1561  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.99 
 
 
218 aa  238  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1807  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
212 aa  238  6e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.413512  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2515  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
212 aa  238  6e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.961854  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1770  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
212 aa  238  6e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0210765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1763  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
212 aa  238  6e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
218 aa  238  6e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.20957e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1830  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.99 
 
 
218 aa  237  9e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1634  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
212 aa  237  9e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.420266  normal  0.0379481 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1559  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
212 aa  237  9e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
212 aa  237  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.59 
 
 
218 aa  236  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.13615  normal  0.054118 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2662  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.52 
 
 
227 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0604494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1810  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.52 
 
 
218 aa  235  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00431301  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1726  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.58 
 
 
218 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0190742  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.58 
 
 
218 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1545  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.58 
 
 
218 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.435189  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1618  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.58 
 
 
218 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.401608  normal  0.71127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1558  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.58 
 
 
218 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.574434 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1693  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.81 
 
 
233 aa  232  4e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0861149  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2378  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.56 
 
 
227 aa  230  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.81 
 
 
217 aa  230  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.185253  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0021  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.19 
 
 
211 aa  229  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.479852  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1961  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.99 
 
 
212 aa  229  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.985992  normal  0.113266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1772  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.81 
 
 
217 aa  229  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.382068  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1880  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.81 
 
 
240 aa  228  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2477  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.17 
 
 
212 aa  226  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00062859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2060  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.34 
 
 
213 aa  225  5e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2218  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.43 
 
 
217 aa  221  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558719 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0082  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.43 
 
 
216 aa  220  1e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.332681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1006  Pyridoxal 5'-phosphate synthase  46.67 
 
 
217 aa  206  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.24 
 
 
229 aa  203  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1992  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.19 
 
 
213 aa  202  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1262  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.29 
 
 
212 aa  200  1e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0521  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.67 
 
 
214 aa  198  6e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  hitchhiker  0.00802215 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.48 
 
 
261 aa  197  7e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.97035 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29241  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.37 
 
 
222 aa  197  9e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.67 
 
 
211 aa  196  2e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8786  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
231 aa  196  2e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.829271 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.73 
 
 
213 aa  196  2e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.81 
 
 
214 aa  196  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.81 
 
 
217 aa  195  4e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.6 
 
 
212 aa  192  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.65 
 
 
214 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.65 
 
 
214 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.29 
 
 
211 aa  191  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0116  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.37 
 
 
224 aa  191  7e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.66 
 
 
212 aa  191  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.81 
 
 
212 aa  191  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0930  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.81 
 
 
212 aa  191  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.19 
 
 
214 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.79 
 
 
213 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.65 
 
 
214 aa  190  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.5 
 
 
211 aa  189  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0512  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.13 
 
 
221 aa  189  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.32246  hitchhiker  0.00235645 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.87 
 
 
214 aa  189  3e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.01004e-05 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  188  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.26 
 
 
214 aa  188  6e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0734  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.24 
 
 
213 aa  187  9e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  2.3808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.81 
 
 
211 aa  186  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1714  pyridoxamine-phosphate oxidase  41.9 
 
 
214 aa  186  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
265 aa  186  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  9.6585e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.38 
 
 
214 aa  185  4e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4707  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.12 
 
 
225 aa  185  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.29 
 
 
213 aa  184  7e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.13 
 
 
212 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4533  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.46 
 
 
202 aa  182  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2153  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.93 
 
 
225 aa  182  4e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11923  Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.79 
 
 
213 aa  181  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.227321  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1519  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.19 
 
 
214 aa  179  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000729179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1481  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.2 
 
 
217 aa  179  3e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185446  normal  0.265561 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2817  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.9 
 
 
211 aa  179  4e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.878112  normal  0.0808941 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.9 
 
 
213 aa  178  5e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1053  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.94 
 
 
217 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0363  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.71 
 
 
216 aa  177  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.138758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>