85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3143 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3143  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 244 aa  481  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3072  hypothetical protein  67.21 
 
 		 243 aa  330  9e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16880  putative permease of ABC transporter  65.16 
 
 		 244 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1468  ABC transporter permease  65.16 
 
 		 244 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1562  ABC transporter, permease protein  63.52 
 
 		 244 aa  321  8e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0917389  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39210  ABC-2 type transport system permease  64.75 
 
 		 244 aa  317  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0705149  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1398  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  60.49 
 
 		 244 aa  317  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1067  hypothetical protein  60.91 
 
 		 244 aa  292  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11610  ABC transporter permease  59.26 
 
 		 244 aa  291  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2908  putative ABC-2 type transport system permease protein  47.03 
 
 		 247 aa  233  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4184  ABC-2 type transporter  47.72 
 
 		 256 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.37094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2722  hypothetical protein  38.79 
 
 		 241 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.619181  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08366  ABC transporter, permease protein  34.87 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00446835  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5379  ABC-type uncharacterized transport system  38.43 
 
 		 998 aa  145  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3237  ABC-2 type transporter  36.18 
 
 		 242 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0727284 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1546  ABC transporter permease; gliding motility-associated protein  36.07 
 
 		 242 aa  145  8.000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6627  gliding motility-associated ABC transporter permease protein GldF  37.22 
 
 		 240 aa  138  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11106 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2141  ABC transporter, inner membrane protein  41.52 
 
 		 972 aa  138  7.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0919791  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0375  ABC transporter, inner membrane protein  39.26 
 
 		 964 aa  135  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0792117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2069  ABC-2 type transporter  39.26 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0221  hypothetical protein  36.52 
 
 		 240 aa  125  5e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.478655 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2707  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation, permease component  33.2 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000874491  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0231  ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 		 244 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2203  ABC-type uncharacterized transport system involved in gliding motility, auxiliary component-like protein  36.86 
 
 		 891 aa  122  7e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.775873  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2841  ABC-type uncharacterized transport system involved in gliding motility auxiliary component-like  35.68 
 
 		 977 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00280772  normal  0.38274 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0780  putative membrane spanning protein  31.06 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1754  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation, permease component  35.22 
 
 		 256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13000  ABC-2 type transporter  34.85 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1769  ABC-2 type transporter  36.86 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.434129  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2811  putative ABC transporter, permease protein  34.58 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291382  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4470  ABC transporter permease; gliding motility- associated protein  33.06 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2204  ABC-type transport system involved in multi- copper enzyme maturation, permease component  31.84 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000479866  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1946  protein involved in gliding motility GldF  35.77 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0296  ABC-2 type transporter  30.17 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0982  ABC-2 type transporter  31.65 
 
 		 235 aa  96.7  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0004  hypothetical protein  28.73 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.750522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2113  hypothetical protein  29.39 
 
 		 248 aa  88.2  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1047  ABC-2 type transporter  31.12 
 
 		 261 aa  86.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0215536  unclonable  0.00000000290694 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1018  ABC-2 type transporter  31.12 
 
 		 261 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2367  hypothetical protein  30.97 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00928576  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6080  ABC-2 type transporter  33.2 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2428  putative ABC-2 type transporter permease  29.02 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0683  ABC transporter, permease protein, putative  26.4 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.65169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1356  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation permease component  30.42 
 
 		 748 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0088  hypothetical protein  29.07 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.754127  normal  0.283193 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4390  ABC-2 type transporter  32.66 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0235971 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2412  ABC-2 type transporter  31.2 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.62011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2646  ABC transporter, permease protein, putative  28.33 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0584  putative ABC-2 type transport system permease protein  27.35 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.757639  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5656  ABC-type uncharacterized transport system  30.83 
 
 		 770 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.319473 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4231  putative ABC-2 type transport system permease protein  34.27 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4024  ABC-2 type transporter  32.54 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166425 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3077  ABC transporter, permease protein, putative  26.42 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2668  ABC-2 type transporter  29.89 
 
 		 768 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.530325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2944  hypothetical protein  27.15 
 
 		 736 aa  52  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3052  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation permease component  27.27 
 
 		 767 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0067  ABC transporter permease  27.66 
 
 		 269 aa  50.1  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.421472  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1372  NosY transmembrane protein  31.4 
 
 		 274 aa  49.3  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2920  ABC-2 type transporter  31.21 
 
 		 371 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.827824  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  29.02 
 
 		 373 aa  47.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  34.21 
 
 		 376 aa  46.6  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  29.65 
 
 		 373 aa  46.6  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3197  nitrous oxide maturation protein NosY  33.33 
 
 		 274 aa  45.8  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  33.67 
 
 		 369 aa  45.8  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  28.26 
 
 		 371 aa  45.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0659  ABC-2 type transporter  30.65 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  28.26 
 
 		 366 aa  44.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  26.71 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  27.54 
 
 		 367 aa  44.3  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1425  ABC-2 type transporter for copper permease protein  41.67 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1758  ABC-2 type transporter  31.14 
 
 		 341 aa  44.3  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  28.26 
 
 		 911 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2645  ABC transporter, permease protein, putative  26.4 
 
 		 254 aa  43.9  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.691836  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  27.21 
 
 		 382 aa  43.5  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  33.61 
 
 		 385 aa  43.5  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  31.15 
 
 		 1106 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6011  copper ABC transporter, permease protein NosY  33.64 
 
 		 276 aa  43.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0261  ABC transporter, permease protein, putative  30.91 
 
 		 357 aa  42.7  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.822784  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  26.03 
 
 		 374 aa  42.7  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3358  putative ABC-2 type transport system permease protein  26.47 
 
 		 301 aa  42.7  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0148865  normal  0.0936569 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  28.57 
 
 		 914 aa  42.7  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  26.06 
 
 		 375 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7393  hypothetical protein  30 
 
 		 266 aa  42.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2082  ABC-2 type transporter  30.61 
 
 		 319 aa  42  0.008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  25.34 
 
 		 374 aa  42  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>