More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3115 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  100 
 
 		 162 aa  336  5.9999999999999996e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  62.18 
 
 		 200 aa  216  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  62.99 
 
 		 187 aa  215  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  62.18 
 
 		 200 aa  214  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 178 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 167 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.01 
 
 		 170 aa  211  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 178 aa  210  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  58.97 
 
 		 167 aa  210  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 178 aa  210  5.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 167 aa  210  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  58.97 
 
 		 178 aa  210  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 178 aa  210  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  58.33 
 
 		 167 aa  209  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  60.78 
 
 		 172 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.51 
 
 		 164 aa  209  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  60.78 
 
 		 172 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2811  tRNA-specific adenosine deaminase  60.13 
 
 		 172 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2730  tRNA-specific adenosine deaminase  60.13 
 
 		 172 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635658  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2946  tRNA-specific adenosine deaminase  60.13 
 
 		 172 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1614  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  62.5 
 
 		 166 aa  207  5e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0790384  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  58.97 
 
 		 165 aa  207  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1221  tRNA-specific adenosine deaminase  58.86 
 
 		 168 aa  206  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01393  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  59.87 
 
 		 223 aa  204  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.331355  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  65.99 
 
 		 158 aa  204  4e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.46 
 
 		 168 aa  203  9e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3044  tRNA-specific adenosine deaminase  60.26 
 
 		 169 aa  203  9e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.0227305 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.62 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  61.94 
 
 		 176 aa  201  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.74 
 
 		 178 aa  201  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.96 
 
 		 169 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3669  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  64.08 
 
 		 182 aa  196  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408377  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.33 
 
 		 175 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  60.14 
 
 		 155 aa  195  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  57.79 
 
 		 222 aa  195  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  58.22 
 
 		 148 aa  193  7e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  58.22 
 
 		 148 aa  193  7e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.81 
 
 		 189 aa  193  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  58.23 
 
 		 177 aa  193  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.79 
 
 		 175 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  56.13 
 
 		 182 aa  190  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.21 
 
 		 164 aa  190  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.79 
 
 		 174 aa  190  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.41 
 
 		 175 aa  189  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1315  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.04 
 
 		 163 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.847285  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.48 
 
 		 152 aa  187  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.41 
 
 		 152 aa  186  9e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  55.84 
 
 		 193 aa  186  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  57.41 
 
 		 190 aa  186  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.84 
 
 		 182 aa  183  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.84 
 
 		 182 aa  183  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1307  tRNA-adenosine deaminase  57.14 
 
 		 222 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.35104  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  52.26 
 
 		 183 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1236  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.77 
 
 		 252 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.469544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  55.33 
 
 		 164 aa  181  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  55.56 
 
 		 168 aa  177  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3291  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  57.14 
 
 		 194 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  56.38 
 
 		 165 aa  176  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2427  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.95 
 
 		 174 aa  173  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.777873  normal  0.277053 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.36 
 
 		 159 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39680  Cytidine/deoxycytidylate deaminase-like protein  56.46 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774336  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  51.28 
 
 		 163 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0300  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.29 
 
 		 165 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.018226  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0328  cytosine deaminase  52.29 
 
 		 165 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775757  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.37 
 
 		 231 aa  171  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.68 
 
 		 154 aa  169  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  56.25 
 
 		 151 aa  169  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  52.03 
 
 		 152 aa  168  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.73 
 
 		 361 aa  168  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.73 
 
 		 361 aa  168  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.33 
 
 		 166 aa  167  4e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0748  tRNA-specific adenosine deaminase  54.29 
 
 		 177 aa  167  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.56 
 
 		 475 aa  166  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1712  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.16 
 
 		 167 aa  166  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.344098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15680  hypothetical protein  55.48 
 
 		 182 aa  166  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0652995  hitchhiker  0.000000000000295358 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  55.88 
 
 		 137 aa  165  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1349  hypothetical protein  55.48 
 
 		 182 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.556036  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1037  tRNA-specific adenosine deaminase  57.43 
 
 		 162 aa  164  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1267  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  55.19 
 
 		 169 aa  164  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52 
 
 		 160 aa  163  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  53.1 
 
 		 196 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.73 
 
 		 176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1457  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  54.84 
 
 		 169 aa  161  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81189  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00919  tRNA-specific adenosine deaminase  52.67 
 
 		 170 aa  161  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0773913  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.74 
 
 		 484 aa  161  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 		 166 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.38 
 
 		 461 aa  160  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.32 
 
 		 158 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3297  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62763  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2013  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  52.78 
 
 		 146 aa  159  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.05 
 
 		 166 aa  159  1e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2394  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2538  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2437  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142608  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.65 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1285  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50 
 
 		 198 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26979  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.33 
 
 		 165 aa  159  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.06 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  48.05 
 
 		 177 aa  159  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>