More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3109 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 738 aa  1517    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  38.16 
 
 		 747 aa  461  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  36.81 
 
 		 751 aa  437  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  37.11 
 
 		 729 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  36.02 
 
 		 730 aa  431  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  34.49 
 
 		 734 aa  428  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  37.58 
 
 		 773 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 		 727 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 		 727 aa  415  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  36.12 
 
 		 764 aa  401  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  33.29 
 
 		 737 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4270  TonB-dependent receptor  34.79 
 
 		 880 aa  355  1e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.156647  decreased coverage  0.00504276 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 782 aa  185  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  26.35 
 
 		 705 aa  181  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 700 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 		 687 aa  137  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 709 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  25.27 
 
 		 731 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  25.46 
 
 		 784 aa  129  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 721 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  24.39 
 
 		 809 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  22.38 
 
 		 807 aa  127  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23.93 
 
 		 782 aa  125  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0935  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 683 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000201333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 721 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0973  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 683 aa  124  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00145441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  22.98 
 
 		 809 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  24.2 
 
 		 688 aa  120  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  24.07 
 
 		 777 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  23.88 
 
 		 782 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  25.17 
 
 		 731 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0939  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 683 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0878917  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0923  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 684 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.854225  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  26.46 
 
 		 693 aa  116  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  25.09 
 
 		 710 aa  114  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3367  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 684 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0937  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 683 aa  114  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3439  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 684 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.587459  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  25.21 
 
 		 703 aa  114  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  26.84 
 
 		 518 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3564  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 684 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000148134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 711 aa  110  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  29.41 
 
 		 717 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  24.26 
 
 		 708 aa  105  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  24.35 
 
 		 713 aa  105  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1102  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.47 
 
 		 683 aa  102  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0948  TonB-dependent receptor domain-containing protein  21.15 
 
 		 691 aa  100  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.915378  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  28.14 
 
 		 704 aa  95.9  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  30.88 
 
 		 723 aa  95.5  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  27.93 
 
 		 774 aa  94  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  27.93 
 
 		 774 aa  94  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  27.93 
 
 		 774 aa  94  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 		 774 aa  94  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  30.08 
 
 		 712 aa  93.2  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  27.59 
 
 		 774 aa  92.4  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  27.47 
 
 		 809 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0833  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 411 aa  91.7  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0977  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 411 aa  91.7  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  27.47 
 
 		 809 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  31.73 
 
 		 690 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  24.05 
 
 		 784 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  28.37 
 
 		 720 aa  86.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  31.33 
 
 		 675 aa  83.6  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.51 
 
 		 784 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  32.26 
 
 		 696 aa  82.4  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  21.53 
 
 		 693 aa  77.4  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  24.09 
 
 		 774 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.09 
 
 		 774 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  24.91 
 
 		 698 aa  75.5  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.65 
 
 		 862 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.59 
 
 		 867 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.72 
 
 		 862 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  21.65 
 
 		 862 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 821 aa  68.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 702 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 702 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.37 
 
 		 861 aa  67  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1716  outer membrane receptor FepA  24.32 
 
 		 746 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1870  outer membrane receptor FepA  22.7 
 
 		 744 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  20.61 
 
 		 723 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  21.51 
 
 		 724 aa  65.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  26.73 
 
 		 741 aa  65.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.42 
 
 		 759 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0469  iron-regulated outer membrane virulence protein, TonB receptor CfrA  26.32 
 
 		 698 aa  64.3  0.000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.442515  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  20.78 
 
 		 724 aa  63.9  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  26.24 
 
 		 729 aa  63.5  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  21.95 
 
 		 764 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  21.6 
 
 		 712 aa  63.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  26.73 
 
 		 749 aa  63.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  26.73 
 
 		 707 aa  63.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  21.42 
 
 		 664 aa  63.2  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  26.73 
 
 		 767 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2242  outer membrane receptor FepA  22.54 
 
 		 744 aa  62  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.620188 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  26.73 
 
 		 737 aa  61.6  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  21.54 
 
 		 764 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 706 aa  61.6  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 836 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 697 aa  61.2  0.00000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  22.38 
 
 		 760 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 698 aa  60.1  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>