More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2904 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  100 
 
 
914 aa  1858    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  29.7 
 
 
961 aa  338  2.9999999999999997e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
944 aa  313  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  28.5 
 
 
929 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 
946 aa  308  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 
957 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 
969 aa  303  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 
1020 aa  301  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 
1040 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 
966 aa  294  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 
948 aa  291  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 
966 aa  290  7e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
951 aa  289  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.61 
 
 
969 aa  288  2.9999999999999996e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 
935 aa  287  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
976 aa  275  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 
869 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
967 aa  269  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
904 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
947 aa  266  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
904 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
951 aa  265  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 
904 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 
939 aa  261  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
965 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
958 aa  260  7e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 
958 aa  260  1e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 
940 aa  258  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
904 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 
998 aa  251  6e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 
901 aa  251  6e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 
873 aa  250  9e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 
836 aa  249  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.55 
 
 
839 aa  247  6.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 
976 aa  246  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 
873 aa  244  7e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 
897 aa  239  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  26.8 
 
 
853 aa  238  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 
953 aa  238  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
824 aa  238  5.0000000000000005e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 
875 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 
912 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 
853 aa  232  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 
855 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 
838 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
935 aa  228  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
1015 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  27 
 
 
938 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
922 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
855 aa  225  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 
842 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
849 aa  221  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  26.22 
 
 
853 aa  221  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 
843 aa  221  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  26.22 
 
 
853 aa  220  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  26.22 
 
 
853 aa  220  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
841 aa  217  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 
907 aa  217  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
907 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
869 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 
966 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
852 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 
891 aa  213  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 
855 aa  212  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 
1007 aa  209  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 
847 aa  208  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 
817 aa  207  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 
924 aa  207  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 
981 aa  207  7e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
861 aa  205  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
861 aa  205  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
1007 aa  204  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
861 aa  204  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 
982 aa  203  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
1007 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 
861 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 
861 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 
952 aa  201  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 
861 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  28.1 
 
 
709 aa  201  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 
857 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  26.35 
 
 
1007 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 
871 aa  199  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  25.78 
 
 
936 aa  195  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 
933 aa  195  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
937 aa  191  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
935 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
935 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
935 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
930 aa  185  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
930 aa  185  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 
890 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
930 aa  184  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 
1028 aa  183  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 
890 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 
890 aa  179  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 
975 aa  177  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 
866 aa  172  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  24.35 
 
 
880 aa  171  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 
924 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>