More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2865 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 798 aa  1638    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  39.77 
 
 		 797 aa  520  1e-146  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  39.44 
 
 		 783 aa  498  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  38.25 
 
 		 797 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  36.79 
 
 		 755 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  36.81 
 
 		 741 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 		 761 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2919  TonB-dependent receptor  31.59 
 
 		 763 aa  344  4e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.239028  normal  0.201579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  29.81 
 
 		 767 aa  271  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 		 803 aa  263  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 764 aa  260  8e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 		 757 aa  246  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 790 aa  243  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 790 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 778 aa  237  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 778 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 786 aa  234  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 848 aa  224  7e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 903 aa  224  7e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 769 aa  223  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 783 aa  220  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 800 aa  201  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 800 aa  201  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 771 aa  199  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 862 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 838 aa  197  9e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 817 aa  194  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 815 aa  194  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  25.25 
 
 		 776 aa  193  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 720 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 783 aa  191  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 762 aa  191  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 835 aa  190  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 747 aa  190  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 780 aa  188  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 864 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 851 aa  187  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 919 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 808 aa  186  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 710 aa  184  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 785 aa  183  9.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 732 aa  182  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 780 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 758 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1115  TonB-dependent receptor, plug  25.12 
 
 		 839 aa  182  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339476  normal  0.267741 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 731 aa  181  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 757 aa  181  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 751 aa  181  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 854 aa  180  8e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 758 aa  180  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 732 aa  180  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 873 aa  180  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  26.7 
 
 		 754 aa  179  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  29.51 
 
 		 906 aa  177  5e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 855 aa  173  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 896 aa  170  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 765 aa  170  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0198  outer membrane receptor for iron transport  26.55 
 
 		 878 aa  169  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 734 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 737 aa  168  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3637  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 858 aa  167  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 726 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 755 aa  166  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 687 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 730 aa  165  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  25.42 
 
 		 741 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 769 aa  164  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 793 aa  164  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 755 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 763 aa  163  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 724 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 730 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 761 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 771 aa  161  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 726 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 777 aa  161  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 815 aa  161  5e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 832 aa  160  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  24.93 
 
 		 809 aa  160  8e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 814 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 750 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 753 aa  159  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4358  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 756 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3901  TonB-dependent receptor, plug  23.56 
 
 		 797 aa  158  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0787  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 788 aa  158  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.114604  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 736 aa  158  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  24.23 
 
 		 715 aa  157  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 776 aa  157  9e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 853 aa  156  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 794 aa  156  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 722 aa  156  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4555  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 803 aa  156  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333953 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 783 aa  156  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 730 aa  155  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 733 aa  155  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 731 aa  154  8.999999999999999e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 758 aa  152  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1679  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 742 aa  151  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0383405 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 720 aa  150  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 777 aa  150  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>