More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2604 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 706 aa  1450    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  51.21 
 
 		 744 aa  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  40.66 
 
 		 835 aa  540  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  39.73 
 
 		 821 aa  523  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  39.14 
 
 		 751 aa  498  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  38.32 
 
 		 801 aa  486  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  38.44 
 
 		 758 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  38.54 
 
 		 758 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  38.4 
 
 		 758 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  38.68 
 
 		 758 aa  479  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  39.49 
 
 		 797 aa  474  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  38.38 
 
 		 758 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 689 aa  421  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 727 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  36.14 
 
 		 689 aa  403  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 680 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 685 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  36.39 
 
 		 681 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  36.24 
 
 		 682 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  35.66 
 
 		 687 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 719 aa  392  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  34.92 
 
 		 687 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 682 aa  372  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 		 734 aa  365  1e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 694 aa  365  2e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 		 681 aa  361  2e-98  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  33.1 
 
 		 681 aa  360  6e-98  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  33.24 
 
 		 694 aa  358  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 677 aa  357  5e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 693 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 692 aa  354  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 724 aa  353  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 742 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 677 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.26 
 
 		 600 aa  351  3e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 730 aa  343  8e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  33.01 
 
 		 681 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  33.01 
 
 		 681 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 698 aa  340  8e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 751 aa  339  9e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 698 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 698 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 751 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 		 702 aa  337  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 725 aa  335  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 705 aa  334  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 693 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  33.57 
 
 		 685 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 695 aa  322  1.9999999999999998e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 709 aa  320  6e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 727 aa  319  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 709 aa  318  3e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 695 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 685 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 713 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  28.34 
 
 		 778 aa  307  4.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  30.4 
 
 		 709 aa  300  9e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 702 aa  299  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 699 aa  290  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 708 aa  285  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  31.02 
 
 		 707 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 705 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  29.31 
 
 		 723 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  30.42 
 
 		 676 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  29.05 
 
 		 731 aa  273  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  30.34 
 
 		 714 aa  270  8e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  28.8 
 
 		 719 aa  259  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 719 aa  259  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  28.78 
 
 		 714 aa  259  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  27.17 
 
 		 744 aa  247  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 783 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  28.77 
 
 		 774 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 702 aa  239  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 784 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 784 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  27.48 
 
 		 782 aa  238  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 789 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 733 aa  231  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 799 aa  213  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 766 aa  193  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 759 aa  177  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 763 aa  157  9e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 836 aa  147  6e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 735 aa  141  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  36.49 
 
 		 868 aa  139  3.0000000000000003e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  39.88 
 
 		 249 aa  126  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 698 aa  115  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 776 aa  107  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  22.84 
 
 		 671 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 776 aa  94  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 797 aa  92.4  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 732 aa  90.9  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 730 aa  89.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 801 aa  87.8  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 713 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 713 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 818 aa  85.5  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 678 aa  84  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 708 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 		 713 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>