More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2517 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2517  cysteine synthase A  100 
 
 
321 aa  649  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.424313  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02168  cysteine synthase A  84.42 
 
 
321 aa  536  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2903  cysteine synthase A  78.75 
 
 
322 aa  491  1e-138  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2468  cysteine synthase A  79.69 
 
 
321 aa  491  1e-138  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0868534  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2370  cysteine synthase A  78.44 
 
 
322 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1500  cysteine synthase  78.44 
 
 
322 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243522 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2520  cysteine synthase A  77.5 
 
 
322 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1561  cysteine synthase  78.44 
 
 
322 aa  488  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1699  cysteine synthase A  77.81 
 
 
322 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.678055  hitchhiker  4.51627e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2685  cysteine synthase A  77.81 
 
 
322 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0206306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2764  cysteine synthase A  77.81 
 
 
322 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0776991  hitchhiker  0.00697726 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1567  cysteine synthase  78.12 
 
 
322 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0584009 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2663  cysteine synthase A  77.5 
 
 
322 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1508  cysteine synthase A  79.38 
 
 
322 aa  481  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2382  cysteine synthase A  79.69 
 
 
322 aa  480  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000192636 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2857  cysteine synthase A  78.75 
 
 
322 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.493872  hitchhiker  0.000671545 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2251  cysteine synthase A  75.93 
 
 
326 aa  471  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.047552  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1721  cysteine synthase A  78.37 
 
 
322 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.32763e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1682  cysteine synthase A  77.81 
 
 
322 aa  468  1e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.222302  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2438  cysteine synthase A  77.96 
 
 
323 aa  464  1e-130  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.241795  normal  0.088242 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3447  cysteine synthase A  74.69 
 
 
322 aa  466  1e-130  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0942235  hitchhiker  0.000661803 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004156  cysteine synthase  75 
 
 
322 aa  463  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.87133e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1429  cysteine synthase A  74.69 
 
 
322 aa  457  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.82911e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1318  cysteine synthase A  74.69 
 
 
322 aa  457  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.53577e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0489  cysteine synthase A  73.44 
 
 
322 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.38281e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2356  cysteine synthase A  73.12 
 
 
322 aa  456  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2520  cysteine synthase A  71.56 
 
 
341 aa  450  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3190  cysteine synthase A  72.19 
 
 
322 aa  445  1e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000841845  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0369  cysteine synthase  69.33 
 
 
316 aa  445  1e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.425105  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01309  cysteine synthase A  74.06 
 
 
322 aa  446  1e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0776  cysteine synthase A  72.81 
 
 
322 aa  446  1e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  8.0483e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1013  cysteine synthase A  72.5 
 
 
322 aa  444  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0386297  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3268  cysteine synthase A  72.5 
 
 
322 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00576907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02275  hypothetical protein  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  7.49692e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2549  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.53816e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2701  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  441  1e-122  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.31344e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2569  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00204709  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2942  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  439  1e-122  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.52572e-05  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1264  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  4.22758e-08  decreased coverage  2.5009e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2766  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.63561e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1247  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.02338e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2574  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.79096e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02314  cysteine synthase A, O-acetylserine sulfhydrolase A subunit  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.13698e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2665  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.23592  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2689  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2795  cysteine synthase A  70.72 
 
 
323 aa  438  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.774508  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3645  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00108358  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2623  cysteine synthase A  71.03 
 
 
323 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0860266  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1476  cysteine synthase A  69.4 
 
 
324 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0068  cysteine synthase A  70.97 
 
 
321 aa  426  1e-118  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3690  cysteine synthase A  68.85 
 
 
323 aa  420  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2237  cysteine synthase A  67.31 
 
 
317 aa  417  1e-115  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.425208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3068  cysteine synthase A  66.99 
 
 
316 aa  417  1e-115  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0145676  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1583  cysteine synthase K/M:cysteine synthase A  69.57 
 
 
324 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.615929  normal  0.280128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1832  cysteine synthase A  66.56 
 
 
317 aa  413  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3639  cysteine synthase A  70.38 
 
 
325 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0668301  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0484  cysteine synthase A  65.93 
 
 
324 aa  408  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.261567  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1467  cysteine synthase  64.67 
 
 
323 aa  408  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0664  cysteine synthase K/M/A  70.61 
 
 
328 aa  407  1e-112  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1996  cysteine synthase  70.93 
 
 
328 aa  407  1e-112  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.13993  normal  0.0541832 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3902  cysteine synthase A  67.7 
 
 
324 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1790  cysteine synthase  66.77 
 
 
323 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.475157  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21201  O-acetylserine (thiol)-lyase A  69.55 
 
 
328 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.872322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4092  cysteine synthase A  67.7 
 
 
324 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1413  cysteine synthase  66.46 
 
 
324 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3871  cysteine synthase A  67.39 
 
 
324 aa  399  1e-110  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.674292  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29110  cysteine synthase A  66.46 
 
 
324 aa  398  1e-110  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015278 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04571  O-acetylserine (thiol)-lyase A  69.23 
 
 
328 aa  399  1e-110  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.754639  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4571  cysteine synthase A  67.39 
 
 
324 aa  400  1e-110  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04261  O-acetylserine (thiol)-lyase A  68.91 
 
 
328 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1318  cysteine synthase A  67.08 
 
 
324 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3986  cysteine synthase A  65.53 
 
 
335 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04051  O-acetylserine (thiol)-lyase A  67.73 
 
 
328 aa  395  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0402  O-acetylserine (thiol)-lyase A  68.59 
 
 
328 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04681  O-acetylserine (thiol)-lyase A  68.59 
 
 
328 aa  394  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0562  cysteine synthase A  69.84 
 
 
329 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285578  normal 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2664  cysteine synthase  67.41 
 
 
329 aa  393  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.211268  normal  0.363932 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2072  cysteine synthase A  68.39 
 
 
317 aa  388  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00015923  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1741  O-acetylserine (thiol)-lyase A  66.67 
 
 
328 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32850  Cysteine synthase K/M:Cysteine synthase K  65.94 
 
 
325 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04581  O-acetylserine (thiol)-lyase A  66.67 
 
 
328 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.795061  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1983  cysteine synthase A  66.99 
 
 
317 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.9928e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2138  cysteine synthase  70.25 
 
 
324 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.66923e-09  decreased coverage  9.32984e-05 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0552  cysteine synthase A  66.88 
 
 
325 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3256  cysteine synthase A  59.74 
 
 
309 aa  344  1e-93  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1840  cysteine synthase  58.03 
 
 
311 aa  325  7e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  2.92185e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3416  cysteine synthase  53.8 
 
 
311 aa  313  2e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2096  cysteine synthase  59.87 
 
 
323 aa  312  4e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.553585  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2003  cysteine synthase A  57.28 
 
 
308 aa  311  6e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.537357 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1385  cysteine synthase  51.9 
 
 
311 aa  311  7e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.9014  normal  0.484311 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3186  cysteine synthase A  57.78 
 
 
310 aa  310  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.13805e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3794  cysteine synthase  56.69 
 
 
339 aa  309  3e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1558  cysteine synthase  58.01 
 
 
309 aa  309  4e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3859  cysteine synthase A  59.41 
 
 
309 aa  307  2e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  8.25635e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2871  cysteine synthase A  55.84 
 
 
318 aa  306  3e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0420  cysteine synthase A  55.52 
 
 
311 aa  305  6e-82  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.858609  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26961  O-acetylserinethiol lyase/cysteine synthase  59.67 
 
 
305 aa  305  8e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2422  cysteine synthase  57.05 
 
 
308 aa  305  9e-82  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0516344 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12358  cysteine synthase A cysK1  56.37 
 
 
310 aa  305  1e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3334  cysteine synthase A  57.78 
 
 
309 aa  303  2e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.229416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>