More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2312 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  620  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 304 aa  295  9e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  47.28 
 
 		 307 aa  292  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  45.92 
 
 		 309 aa  285  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.7 
 
 		 307 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 313 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  46.64 
 
 		 319 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 299 aa  266  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  49.3 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 305 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 321 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 310 aa  255  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 308 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 304 aa  252  7e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 308 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  44.3 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 309 aa  248  7e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 354 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 323 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.66 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  40 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  38.67 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 320 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  38.33 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 327 aa  208  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 341 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 304 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.95 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.5 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>