174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2285 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  662    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  46.25 
 
 
320 aa  318  5e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  40.62 
 
 
318 aa  255  6e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  36.62 
 
 
327 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  29.87 
 
 
315 aa  165  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  30.91 
 
 
310 aa  155  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  33.69 
 
 
326 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  30.21 
 
 
308 aa  135  8e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  29.87 
 
 
318 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  28.96 
 
 
311 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  27.43 
 
 
313 aa  122  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  27.52 
 
 
310 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  29.23 
 
 
312 aa  119  6e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2271  UspA domain-containing protein  27.16 
 
 
313 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  29.14 
 
 
311 aa  115  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  25.85 
 
 
310 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  29.28 
 
 
316 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  31.54 
 
 
312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  30.68 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  31.05 
 
 
318 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  31.05 
 
 
318 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  30.2 
 
 
316 aa  109  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  28.3 
 
 
316 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  26.52 
 
 
310 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  29.06 
 
 
316 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  30.15 
 
 
319 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  28.66 
 
 
311 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  25.08 
 
 
310 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  25.08 
 
 
310 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  25.08 
 
 
310 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  26.93 
 
 
310 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  27.94 
 
 
314 aa  105  8e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  25.67 
 
 
311 aa  104  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  26.97 
 
 
310 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  26.53 
 
 
315 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  26.97 
 
 
309 aa  102  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  26.44 
 
 
310 aa  102  8e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  27.04 
 
 
315 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  24 
 
 
310 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  24.53 
 
 
309 aa  99.8  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  26.52 
 
 
310 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  26.52 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  26.52 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  26.52 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  29.72 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  26.52 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
315 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
315 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
315 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
315 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  29.03 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  28.11 
 
 
316 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  28.02 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  27.61 
 
 
315 aa  95.9  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  27.63 
 
 
315 aa  95.9  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  27.41 
 
 
307 aa  94.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  27.43 
 
 
254 aa  94  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  26.84 
 
 
315 aa  92.8  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  33.51 
 
 
287 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  32.99 
 
 
287 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  32.46 
 
 
287 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  33.51 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  30.98 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  25.56 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  24.38 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  28.96 
 
 
287 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  26.73 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  28.51 
 
 
287 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  25.74 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3969  universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein  60.38 
 
 
53 aa  69.7  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  24.43 
 
 
307 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  26.42 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  22.62 
 
 
294 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  25.94 
 
 
302 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  25.23 
 
 
315 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  27.37 
 
 
304 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  23.8 
 
 
294 aa  63.5  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  23.71 
 
 
311 aa  63.5  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  25.08 
 
 
295 aa  62  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  24.35 
 
 
293 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  27.23 
 
 
305 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  22.11 
 
 
294 aa  61.6  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  25.11 
 
 
294 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  22.48 
 
 
297 aa  60.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1649  UspA domain-containing protein  23.58 
 
 
305 aa  60.1  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  25.23 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  24.65 
 
 
294 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  22.51 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  26.24 
 
 
303 aa  57  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  19.94 
 
 
310 aa  57  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  22.11 
 
 
291 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  23.46 
 
 
289 aa  57.4  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>