70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2278 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2278  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  274  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0502314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 
156 aa  73.6  8e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.06 
 
 
156 aa  72  3e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.06 
 
 
156 aa  71.6  4e-12  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
134 aa  60.1  1e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  30.53 
 
 
143 aa  56.2  1e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 
132 aa  55.1  3e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
137 aa  55.5  3e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.36 
 
 
140 aa  54.7  4e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
140 aa  53.5  9e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.17 
 
 
136 aa  51.2  4e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 
142 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
130 aa  49.7  1e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
141 aa  50.1  1e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  34.43 
 
 
136 aa  49.3  2e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.92 
 
 
137 aa  48.1  4e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
136 aa  47.4  6e-05  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.19 
 
 
136 aa  47.4  7e-05  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 
141 aa  47  9e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.03 
 
 
136 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  28.15 
 
 
142 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.83 
 
 
142 aa  46.2  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.92 
 
 
136 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70 
 
 
135 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
142 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.55 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  31.2 
 
 
146 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  27.27 
 
 
174 aa  45.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
140 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
140 aa  45.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.44 
 
 
135 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  29.37 
 
 
143 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  48.78 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  42.55 
 
 
134 aa  45.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 
174 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  48.78 
 
 
134 aa  44.3  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  44.74 
 
 
179 aa  44.7  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
134 aa  44.3  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  33.85 
 
 
135 aa  43.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  29.84 
 
 
146 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
140 aa  43.9  0.0008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  48.78 
 
 
134 aa  43.5  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.2 
 
 
143 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
133 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
134 aa  42.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  45.65 
 
 
135 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  1.82227e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.95 
 
 
134 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
143 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  3.95657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  20.44 
 
 
133 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  27.82 
 
 
154 aa  42.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.58 
 
 
141 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.95 
 
 
134 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.95 
 
 
134 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  22.39 
 
 
132 aa  42  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.38 
 
 
208 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  36.21 
 
 
134 aa  41.2  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0185  ferric siderophore transport system,innermembrane protein E  40 
 
 
131 aa  41.2  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.224438  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
174 aa  41.6  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  30.77 
 
 
143 aa  41.2  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  25.19 
 
 
134 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  19.4 
 
 
133 aa  40.8  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
135 aa  40.8  0.007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.69 
 
 
143 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.96939e-07  hitchhiker  9.05807e-07 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.81 
 
 
142 aa  40.4  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.6 
 
 
144 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.13 
 
 
142 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.21 
 
 
218 aa  40.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  33.33 
 
 
135 aa  40  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0350  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.19 
 
 
130 aa  40  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.902002  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>