52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2265 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2265  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  239  8e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1415  hypothetical protein  53.85 
 
 
120 aa  140  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.130351  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2718  hypothetical protein  52.94 
 
 
123 aa  136  8e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.145637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2631  hypothetical protein  48.31 
 
 
119 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.48567e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2706  hypothetical protein  48.31 
 
 
119 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000140382  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2030  hypothetical protein  48.72 
 
 
119 aa  116  1e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  9.42918e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1754  hypothetical protein  47.46 
 
 
119 aa  115  2e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.86654e-06  hitchhiker  0.00155716 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2592  hypothetical protein  47.46 
 
 
119 aa  115  2e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000971711  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2317  hypothetical protein  47.46 
 
 
119 aa  113  8e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.94227e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2314  hypothetical protein  45.76 
 
 
135 aa  113  9e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1946  hypothetical protein  46.61 
 
 
119 aa  112  2e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.81986e-08  normal  0.0225511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2676  hypothetical protein  44.92 
 
 
119 aa  111  4e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208691  normal  0.147736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2142  hypothetical protein  43.22 
 
 
124 aa  110  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.00583e-09  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1991  hypothetical protein  45.76 
 
 
119 aa  110  7e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2460  hypothetical protein  45.76 
 
 
119 aa  110  7e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.3516e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2342  hypothetical protein  45.76 
 
 
119 aa  110  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000117371  normal  0.0599682 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2270  hypothetical protein  45.76 
 
 
119 aa  110  9e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0614903  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2142  hypothetical protein  43.22 
 
 
123 aa  109  1e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.13053e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1903  hypothetical protein  44.92 
 
 
119 aa  103  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.76347e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003401  hypothetical protein  37.25 
 
 
117 aa  73.6  8e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  2.84049e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0395  hypothetical protein  36.7 
 
 
127 aa  72.8  2e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02381  hypothetical protein  36.04 
 
 
117 aa  71.2  5e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1711  hypothetical protein  34.23 
 
 
116 aa  70.9  6e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0867  hypothetical protein  30.63 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.49479e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1019  hypothetical protein  39.76 
 
 
128 aa  61.2  5e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00054643  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0845  hypothetical protein  33.73 
 
 
150 aa  54.3  5e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2813  hypothetical protein  37.65 
 
 
128 aa  54.3  6e-07  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.215215  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1097  hypothetical protein  34.94 
 
 
123 aa  53.9  8e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0458042  hitchhiker  0.00682906 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1205  hypothetical protein  31.73 
 
 
125 aa  53.5  9e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.069384  hitchhiker  0.000375223 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2974  hypothetical protein  37.65 
 
 
132 aa  52.8  2e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.534779  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0614  hypothetical protein  34.94 
 
 
128 aa  52  3e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0987  hypothetical protein  34.94 
 
 
126 aa  52  3e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.411283  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3065  hypothetical protein  34.94 
 
 
126 aa  51.2  4e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0335891  decreased coverage  1.60498e-08 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0369  hypothetical protein  30.12 
 
 
127 aa  50.4  8e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0352181  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1125  hypothetical protein  33.73 
 
 
126 aa  48.5  3e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0604212  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1306  hypothetical protein  33.73 
 
 
113 aa  48.5  3e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0859  hypothetical protein  30.84 
 
 
123 aa  48.1  4e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2887  hypothetical protein  32.53 
 
 
126 aa  48.1  4e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.884859  hitchhiker  3.27359e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2969  hypothetical protein  32.53 
 
 
126 aa  48.1  4e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.092913  unclonable  3.76275e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0293  hypothetical protein  32.1 
 
 
130 aa  47  8e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  4.15499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0390  hypothetical protein  27.71 
 
 
127 aa  47  9e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1210  hypothetical protein  32.53 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3147  hypothetical protein  32.53 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00243141  normal  0.887855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1243  hypothetical protein  32.53 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.442213  normal  0.338722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1166  hypothetical protein  32.53 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.599086  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01861  hypothetical protein  30.49 
 
 
129 aa  46.2  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003821  hypothetical protein  31.71 
 
 
129 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0228492  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3246  hypothetical protein  28.92 
 
 
135 aa  43.9  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436528  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1422  hypothetical protein  25.88 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1354  hypothetical protein  28.92 
 
 
128 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.561613  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1291  hypothetical protein  26.25 
 
 
184 aa  41.2  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3876  hypothetical protein  25.77 
 
 
119 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>