More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2213 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  100 
 
 
158 aa  321  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  84.31 
 
 
153 aa  268  3e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  77.22 
 
 
158 aa  263  9e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  75.95 
 
 
158 aa  256  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  75.47 
 
 
159 aa  254  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.19579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.10908e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.74781e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  8.58072e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.10708e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 
158 aa  253  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.61642e-05  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  75.8 
 
 
158 aa  253  9e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  74.68 
 
 
158 aa  250  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.7905e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  74.68 
 
 
158 aa  250  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  74.68 
 
 
158 aa  250  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  74.68 
 
 
158 aa  250  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  74.68 
 
 
158 aa  250  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  73.42 
 
 
159 aa  249  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  74.05 
 
 
158 aa  248  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  73.42 
 
 
158 aa  245  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43014e-05  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  70.25 
 
 
158 aa  244  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 
158 aa  243  8e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.72965e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 
158 aa  243  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 
158 aa  243  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.2178e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  233  9e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  72.55 
 
 
153 aa  226  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.15218e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 
158 aa  224  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 
158 aa  224  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 
158 aa  224  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  67.09 
 
 
158 aa  223  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.96364e-05  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 
160 aa  223  9e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  65.82 
 
 
160 aa  223  9e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3073  transcription elongation factor GreA  66.46 
 
 
158 aa  223  9e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  69.62 
 
 
158 aa  223  9e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  222  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0997  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 
158 aa  223  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00368773  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  69.93 
 
 
153 aa  222  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  222  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.41028e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  66.88 
 
 
158 aa  221  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  222  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 
158 aa  221  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  68.59 
 
 
159 aa  221  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3430  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  219  9e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.910726  hitchhiker  0.000543609 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3252  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  219  9e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0358868  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3294  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  219  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00887513  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1115  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 
158 aa  219  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.179374  hitchhiker  9.61411e-10 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  64.56 
 
 
160 aa  214  3e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  63.29 
 
 
158 aa  213  6e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 
159 aa  213  7e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  63.29 
 
 
158 aa  213  1e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  63.29 
 
 
158 aa  211  3e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  63.29 
 
 
158 aa  211  3e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 
158 aa  210  5e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  63.92 
 
 
158 aa  209  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 
158 aa  208  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  64.33 
 
 
158 aa  207  4e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  1.49804e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  62.34 
 
 
158 aa  207  5e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  64.1 
 
 
158 aa  206  1e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  61.69 
 
 
158 aa  204  5e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  59.74 
 
 
173 aa  202  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  61.39 
 
 
158 aa  202  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  59.74 
 
 
159 aa  202  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 
158 aa  202  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 
158 aa  201  5e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  4.26484e-12  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  65.19 
 
 
157 aa  200  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  62.75 
 
 
154 aa  200  6e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 
158 aa  200  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  3.15443e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  61.15 
 
 
158 aa  200  7e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4190  transcription elongation factor GreA  61.39 
 
 
158 aa  200  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.164972  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4500  transcription elongation factor GreA  60.76 
 
 
158 aa  199  1e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 
157 aa  198  2e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  59.74 
 
 
158 aa  198  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  58.6 
 
 
158 aa  197  6e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 
158 aa  196  9e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  4.33551e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0589  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 
157 aa  194  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00434692  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0768  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 
158 aa  194  4e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0478497  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  58.23 
 
 
158 aa  192  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  58.23 
 
 
176 aa  191  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4723  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
160 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4588  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
160 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4722  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
160 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0710  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 
160 aa  190  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0264242 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 
158 aa  189  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 
158 aa  188  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 
158 aa  188  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 
158 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 
158 aa  188  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 
158 aa  188  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 
158 aa  188  3e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 
158 aa  188  3e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 
158 aa  188  3e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0850  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 
158 aa  186  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
158 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
158 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
158 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
158 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 
158 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>