More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2203 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 		 303 aa  626  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.5 
 
 		 300 aa  463  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  68.46 
 
 		 306 aa  442  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.79 
 
 		 306 aa  435  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.79 
 
 		 306 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.56 
 
 		 303 aa  431  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.9 
 
 		 303 aa  428  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.56 
 
 		 303 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.56 
 
 		 303 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.56 
 
 		 303 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.56 
 
 		 303 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.56 
 
 		 303 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.9 
 
 		 303 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.23 
 
 		 303 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.23 
 
 		 303 aa  424  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.89 
 
 		 303 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.44 
 
 		 310 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.89 
 
 		 303 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.89 
 
 		 303 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.56 
 
 		 303 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.89 
 
 		 303 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67.22 
 
 		 303 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.57 
 
 		 302 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.45 
 
 		 305 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.45 
 
 		 305 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.45 
 
 		 305 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.45 
 
 		 305 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.45 
 
 		 305 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.45 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.46 
 
 		 305 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.79 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.79 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  62.79 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  62.79 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  62.79 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.3 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  62.96 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.12 
 
 		 304 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.44 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.3 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.15 
 
 		 300 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.38 
 
 		 314 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 317 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 311 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  40.2 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 322 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.92 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.17 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 		 320 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 308 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.12 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 294 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  38.59 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 323 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>