83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2200 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2200  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  100 
 
 		 356 aa  745    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1001  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.82 
 
 		 368 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000913251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3219  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.82 
 
 		 368 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000791022  normal  0.0810678 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1054  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.82 
 
 		 368 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0693  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.92 
 
 		 363 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.716543  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004249  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase mtfA  52.81 
 
 		 363 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000917276  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3252  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.37 
 
 		 366 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.225665  normal  0.903193 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01186  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.81 
 
 		 363 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0929  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  54.49 
 
 		 366 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.088881  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3468  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.68 
 
 		 358 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0401954  hitchhiker  0.000523336 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3176  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  54.21 
 
 		 366 aa  393  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3064  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.81 
 
 		 366 aa  388  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157205  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3803  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.52 
 
 		 367 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0270508  hitchhiker  0.000000465668 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3375  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  54.21 
 
 		 366 aa  391  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2947  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0906  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4070  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000374356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02618  hypothetical protein  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2981  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.84 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3319  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.83 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.045342  normal  0.821385 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3112  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000130243  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2950  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000823622  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0882  conserved hypothetical protein  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2761  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.11 
 
 		 363 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0290768  normal  0.262725 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02657  predicted methyltransferase  52.53 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3205  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.4 
 
 		 366 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2992  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  53.65 
 
 		 366 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3142  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.4 
 
 		 366 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0783039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2891  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.14 
 
 		 361 aa  382  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117947  hitchhiker  0.00000824021 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3125  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.4 
 
 		 366 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000738334  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1285  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.13 
 
 		 361 aa  383  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000107001  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3305  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.4 
 
 		 366 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.571863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3190  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.12 
 
 		 366 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.580308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2721  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.57 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000344468  normal  0.0553209 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2792  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.85 
 
 		 361 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000590307  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1353  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.56 
 
 		 361 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.109353  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1536  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.13 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2993  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.56 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0309366  hitchhiker  0.00000241621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1392  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.56 
 
 		 361 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.14672 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1367  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.56 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0458606  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2426  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.13 
 
 		 361 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2562  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  51.13 
 
 		 367 aa  372  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1613  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.56 
 
 		 365 aa  367  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.09552  normal  0.605694 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0496  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  48.48 
 
 		 361 aa  366  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0203038  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2780  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50 
 
 		 362 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3541  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  50.7 
 
 		 368 aa  362  5.0000000000000005e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02563  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  45.69 
 
 		 365 aa  320  1.9999999999999998e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00506422  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2017  hypothetical protein  44.29 
 
 		 357 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115634  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20050  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  45.07 
 
 		 353 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3403  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  44.01 
 
 		 357 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1632  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  45.04 
 
 		 355 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.281691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1647  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  42 
 
 		 435 aa  292  8e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.092844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3889  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  44.1 
 
 		 366 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.519018  normal  0.040112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3626  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  44.79 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.642022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1655  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  45.38 
 
 		 354 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0111159  normal  0.447876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44280  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  45.33 
 
 		 352 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1930  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  43.3 
 
 		 350 aa  288  9e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.857797 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1904  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  42.78 
 
 		 351 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000223695  normal  0.490603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3767  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  44.92 
 
 		 352 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2113  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  44.51 
 
 		 354 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.599809  normal  0.121748 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1151  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  40.91 
 
 		 364 aa  279  4e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.543809  hitchhiker  0.0000000680038 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2412  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  41.26 
 
 		 357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0678  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  42.98 
 
 		 355 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04620  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  41.14 
 
 		 347 aa  268  8.999999999999999e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0092  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  41.53 
 
 		 352 aa  262  8e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.155967  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1490  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  39.43 
 
 		 360 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.624039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1781  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  40.44 
 
 		 358 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1153  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  39.66 
 
 		 349 aa  250  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.203097 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2090  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  37.89 
 
 		 351 aa  246  6e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2011  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  37.61 
 
 		 366 aa  239  4e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.989087  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1661  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase  37.11 
 
 		 337 aa  216  7e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1789  hypothetical protein  36.47 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_50496  predicted protein  29.19 
 
 		 504 aa  82  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.661697  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0643  hypothetical protein  26.76 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0659  hypothetical protein  30.36 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2347  hypothetical protein  28.14 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3257  putative RNA 2'-O-ribose methyltransferase MtfA  32.34 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0307  hypothetical protein  29.79 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2541  hypothetical protein  25.4 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00453654  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0304  hypothetical protein  29.37 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4304  THUMP domain-containing protein  27.41 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_16190  predicted protein  27.5 
 
 		 514 aa  44.3  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.880693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_49783  predicted protein  27.39 
 
 		 499 aa  42.7  0.009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>