More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2005 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  47.92 
 
 		 702 aa  658    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  47.92 
 
 		 702 aa  659    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1460  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.92 
 
 		 702 aa  649    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.92 
 
 		 702 aa  659    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.36 
 
 		 707 aa  684    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.47 
 
 		 749 aa  696    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.48 
 
 		 705 aa  673    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.03 
 
 		 705 aa  665    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.37 
 
 		 715 aa  702    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.88 
 
 		 706 aa  656    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.83 
 
 		 718 aa  657    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.16 
 
 		 711 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.07 
 
 		 702 aa  661    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000372198  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.74 
 
 		 711 aa  701    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.92 
 
 		 702 aa  659    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.61 
 
 		 711 aa  689    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.84 
 
 		 702 aa  659    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  59.94 
 
 		 699 aa  878    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.13 
 
 		 708 aa  724    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.03 
 
 		 702 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.4 
 
 		 707 aa  667    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  47.92 
 
 		 702 aa  658    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.3 
 
 		 709 aa  717    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.3 
 
 		 709 aa  707    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.84 
 
 		 713 aa  662    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1019  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.03 
 
 		 702 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000163679  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.03 
 
 		 702 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.67 
 
 		 706 aa  657    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.3 
 
 		 709 aa  706    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.03 
 
 		 702 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.93 
 
 		 705 aa  676    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.92 
 
 		 702 aa  659    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000766949  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.16 
 
 		 709 aa  715    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.93 
 
 		 711 aa  717    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  48.66 
 
 		 706 aa  679    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  100 
 
 		 701 aa  1463    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.16 
 
 		 709 aa  716    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.88 
 
 		 702 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.9 
 
 		 711 aa  675    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.76 
 
 		 718 aa  652    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.58 
 
 		 713 aa  711    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.44 
 
 		 713 aa  711    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.58 
 
 		 712 aa  718    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.07 
 
 		 702 aa  660    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.86 
 
 		 711 aa  711    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  49.44 
 
 		 713 aa  708    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.87 
 
 		 708 aa  685    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.88 
 
 		 706 aa  656    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.88 
 
 		 706 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.78 
 
 		 725 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.72 
 
 		 730 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.72 
 
 		 730 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.45 
 
 		 730 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.58 
 
 		 730 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.48 
 
 		 738 aa  610  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.38 
 
 		 725 aa  610  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  42.02 
 
 		 762 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.34 
 
 		 750 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18930  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.76 
 
 		 738 aa  592  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.56 
 
 		 707 aa  590  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.48 
 
 		 721 aa  588  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.56 
 
 		 707 aa  588  1e-166  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.37 
 
 		 756 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1699  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.55 
 
 		 722 aa  558  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1039  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.86 
 
 		 725 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.525642  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.08 
 
 		 734 aa  548  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.59 
 
 		 711 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.3 
 
 		 752 aa  534  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1344  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.11 
 
 		 732 aa  533  1e-150  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.34 
 
 		 712 aa  529  1e-149  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0688  putative RNA methylase  38.12 
 
 		 734 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0808112 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1322  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.56 
 
 		 712 aa  504  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0919587 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0772  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.26 
 
 		 776 aa  502  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.829763 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0766  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.39 
 
 		 768 aa  501  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.1454 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.34 
 
 		 807 aa  462  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2214  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.12 
 
 		 724 aa  456  1e-127  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.301767  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2125  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.18 
 
 		 748 aa  456  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.842151  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0981  putative RNA methylase  36.31 
 
 		 751 aa  427  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0609358  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  31.6 
 
 		 729 aa  366  1e-100  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24675  hypothetical protein  51.63 
 
 		 343 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1312  THUMP domain protein  47.98 
 
 		 768 aa  314  2.9999999999999996e-84  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530559  normal  0.0438625 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26220  predicted SAM-dependent methyltransferase  48.59 
 
 		 657 aa  309  9e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1191  oxidoreductase  46.43 
 
 		 321 aa  272  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  37.87 
 
 		 376 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  38.13 
 
 		 376 aa  269  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1014  THUMP domain protein  42.55 
 
 		 760 aa  263  6e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.520443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6906  Methyltransferase type 11  43.56 
 
 		 315 aa  250  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  36.53 
 
 		 389 aa  249  9e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  36.53 
 
 		 375 aa  248  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  36.53 
 
 		 375 aa  248  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  34.39 
 
 		 385 aa  243  6e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  36.44 
 
 		 375 aa  242  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  36.8 
 
 		 391 aa  239  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24665  hypothetical protein  46.18 
 
 		 367 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  35.45 
 
 		 374 aa  232  1e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1913  hypothetical protein  41.74 
 
 		 335 aa  232  2e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0121293  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5734  oxidoreductase  39.34 
 
 		 365 aa  228  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  33.07 
 
 		 375 aa  222  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  33.66 
 
 		 413 aa  218  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  32.84 
 
 		 441 aa  218  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>