105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2000 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2000  BNR repeat-containing protein  100 
 
 		 332 aa  674    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.177626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2804  BNR repeat-containing protein  45.4 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.354775  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1807  BNR repeat-containing protein  42.39 
 
 		 337 aa  250  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2197  BNR repeat-containing protein  43.87 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.284418  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2223  BNR repeat-containing protein  39.58 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110156  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2595  BNR repeat-containing protein  43.84 
 
 		 336 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1783  BNR repeat-containing protein  43.77 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0329524  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1753  BNR repeat-containing protein  43.43 
 
 		 336 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0888292  normal  0.639516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2478  BNR repeat-containing protein  39.66 
 
 		 341 aa  233  5e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183941  normal  0.0107385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2138  BNR repeat-containing protein  39.12 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.154438 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1678  BNR repeat-containing protein  43.1 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0439463  normal  0.180589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1909  BNR repeat protein  45.35 
 
 		 338 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00042683  normal  0.120925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2442  BNR repeat-containing protein  45.35 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2555  BNR repeat-containing protein  45.35 
 
 		 338 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0401334  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2435  BNR repeat-containing protein  44.98 
 
 		 338 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.724955  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1940  BNR repeat-containing protein  42.21 
 
 		 338 aa  219  6e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.242255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1590  BNR repeat-containing protein  39.66 
 
 		 336 aa  216  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1727  BNR repeat-containing protein  46.24 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3230  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  36.52 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.448997  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3778  BNR/Asp-box repeat protein  38.15 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1700  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  37.15 
 
 		 369 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.601286  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1578  hypothetical protein  36.4 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0613836  normal  0.221478 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1550  hypothetical protein  35.62 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2018  BNR domain-containing protein  35.74 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2059  hypothetical protein  34.46 
 
 		 361 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0816093  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3724  hypothetical protein  35.74 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24310  BNR/Asp-box repeat-containing protein  33.84 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2936  hypothetical protein  39.41 
 
 		 363 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.608835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1364  BNR/Asp-box repeat-containing protein  33.82 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.27216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2970  hypothetical protein  33.72 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2065  uncharacterized protein related to photosystem II stability/assembly factor  31.43 
 
 		 382 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3165  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  37.13 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401684  normal  0.916816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2813  BNR domain-containing protein  31.83 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0172684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0966  hypothetical protein  29.33 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2667  hypothetical protein  31.01 
 
 		 331 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.166994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3143  BNR domain-containing protein  26.81 
 
 		 361 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.980109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6780  glycosyl hydrolase  32.62 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2748  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  32.04 
 
 		 314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000496778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2245  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  28.62 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000222416  hitchhiker  0.00000000000000277962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2810  glycosyl hydrolase  30.09 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119183  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3201  BNR domain-containing protein  30.12 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.305002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4345  glycosyl hydrolase BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  27.41 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.60812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1573  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  32.53 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0646  hypothetical protein  31.4 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0104627  normal  0.241315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4866  hypothetical protein  31.54 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0132  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  26.74 
 
 		 359 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6391  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  26.35 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3921  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  30.98 
 
 		 356 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4326  glycosyl hydrolase, BNR repeat  28.87 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.0660823 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4436  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  28.87 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.501856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2164  glycosyl hydrolase  27.67 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0722696 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4061  glycosyl hydrolase, BNR repeat protein  28.53 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.369281  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1446  glycosyl hydrolase  31.5 
 
 		 323 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5038  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  29.63 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5822  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  29.63 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4357  glycosyl hydrolase BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  29.22 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4028  glycosyl hydrolase, BNR repeat  28.43 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0574682  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6841  hypothetical protein  27.69 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109659  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6866  glycosyl hydrolase  28.36 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0347916  normal  0.0962421 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3430  BNR repeat-containing protein  23.82 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0324966  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2128  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  24.42 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.437316  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2022  hypothetical protein  28.57 
 
 		 897 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2468  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  27.4 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000564935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0584  hypothetical protein  26.61 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0424726  hitchhiker  0.000233592 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0944  hypothetical protein  25.45 
 
 		 336 aa  66.2  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2258  hypothetical protein  27.13 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.750001  hitchhiker  0.0000258604 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3503  Ycf48-like protein  23.27 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.422454 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2227  Ycf48-like protein  25.5 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0537914  normal  0.190318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0399  photosystem II stability/assembly factor-like protein  26.78 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4692  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  24.89 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.665458  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4188  Ycf48-like protein  21.77 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4148  Ycf48-like protein  21.77 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0816  Ycf48-like protein  22.32 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1349  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  24.64 
 
 		 366 aa  59.3  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  5.86783e-22  decreased coverage  0.0000013848 
 
 
 
NC_007298  Daro_3779  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  23.12 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00208447  decreased coverage  0.000226347 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0623  hypothetical protein  26.99 
 
 		 614 aa  57.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000504443  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1856  Ycf48-like protein  21.95 
 
 		 339 aa  57  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3239  hypothetical protein  23.64 
 
 		 931 aa  57  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0609  hypothetical protein  23.93 
 
 		 698 aa  54.3  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.909747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0887  hypothetical protein  25.1 
 
 		 350 aa  53.9  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0720354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2003  glycosyl hydrolase, BNR protein  23.57 
 
 		 661 aa  53.9  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.075614  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1238  glycosyl hydrolase BNR repeat-containing protein  23.12 
 
 		 340 aa  53.9  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2949  hypothetical protein  23.29 
 
 		 714 aa  53.5  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.211867 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0797  hypothetical protein  24.37 
 
 		 1140 aa  52.8  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3229  BNR domain-containing protein  24.81 
 
 		 338 aa  52  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25281  Ycf48-like protein  22.87 
 
 		 335 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_47343  predicted protein  23.81 
 
 		 363 aa  50.8  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0770421  hitchhiker  0.000226051 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0298  Ycf48-like protein  28.36 
 
 		 338 aa  49.7  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1178  Ycf48-like protein  29.17 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4229  FG-GAP repeat protein  24.34 
 
 		 1527 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.460586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0228  Ycf48-like protein  26.97 
 
 		 333 aa  48.5  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4449  hypothetical protein  29.89 
 
 		 408 aa  48.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03761  Ycf48-like protein  28.1 
 
 		 338 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.156925 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03221  Ycf48-like protein  30.69 
 
 		 339 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47413  predicted protein  23.03 
 
 		 408 aa  48.1  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5660  hypothetical protein  21.28 
 
 		 742 aa  47.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1662  Ycf48-like protein  28.1 
 
 		 338 aa  47  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243445  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0201  Ycf48-like protein  32.69 
 
 		 333 aa  47  0.0005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.345386  normal  0.296046 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03191  Ycf48-like protein  27.61 
 
 		 338 aa  47  0.0005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03291  Ycf48-like protein  25 
 
 		 337 aa  46.2  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.307197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>