177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1873 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1884  putative regulatory protein NosR  64.92 
 
 		 715 aa  890    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2253  FMN-binding domain-containing protein  61.49 
 
 		 703 aa  882    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1873  FMN-binding  100 
 
 		 692 aa  1425    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2563  FMN-binding domain protein  38.09 
 
 		 714 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.132297  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1535  FMN-binding domain protein  38.87 
 
 		 704 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3079  FMN-binding domain-containing protein  35.04 
 
 		 714 aa  443  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3961  regulatory protein, putative  37.48 
 
 		 743 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4868  FMN-binding domain protein  38.36 
 
 		 701 aa  445  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.0739563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1334  FMN-binding domain-containing protein  38.56 
 
 		 705 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.461369 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1073  FMN-binding domain-containing protein  35.92 
 
 		 712 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.537433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20230  regulatory protein NosR  37.28 
 
 		 715 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.578726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1739  regulatory protein NosR  37.28 
 
 		 715 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2414  FMN-binding domain-containing protein  38.66 
 
 		 699 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4731  putative transcriptional regulator NosR  37.62 
 
 		 719 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2220  FMN-binding  36.58 
 
 		 716 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000053417  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6246  nitrous oxide expression regulator, NosR  36.13 
 
 		 702 aa  412  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3399  FMN-binding domain-containing protein  36.38 
 
 		 713 aa  412  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.360952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0274  transcriptional regulator NosR, putative  35.44 
 
 		 787 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288385  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1429  FMN-binding domain-containing protein  35.1 
 
 		 708 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.865866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6007  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.84 
 
 		 764 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0427  FMN-binding  35.56 
 
 		 764 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653996  normal  0.802121 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2350  FMN-binding domain protein  35.52 
 
 		 764 aa  399  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2637  FMN-binding domain-containing protein  35.34 
 
 		 758 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2862  FMN-binding domain-containing protein  35.77 
 
 		 749 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3141  FMN-binding  35.47 
 
 		 752 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4220  FMN-binding domain-containing protein  34.32 
 
 		 726 aa  389  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4347  FMN-binding domain-containing protein  33.76 
 
 		 788 aa  385  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0250  putative transcriptional regulator NosR  34.02 
 
 		 763 aa  376  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3181  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.59 
 
 		 687 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333663  normal  0.835049 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0686  regulator of nitric oxide reductase transcription  33.33 
 
 		 696 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0382945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3193  nitrous oxide reductase regulatory protein NosR  34.76 
 
 		 728 aa  365  1e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2486  FMN-binding domain-containing protein  33.38 
 
 		 681 aa  362  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3619  FMN-binding domain-containing protein  35.72 
 
 		 727 aa  350  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  normal  0.107626 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2317  regulatory protein nosR, putative  33.92 
 
 		 713 aa  345  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.980481  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2263  transcription regulator NosR  32.22 
 
 		 710 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2123  regulatory protein NosR  32.22 
 
 		 710 aa  343  9e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2068  regulatory protein NosR  32.07 
 
 		 710 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.927633  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0987  regulatory protein nosR, putative  32.96 
 
 		 710 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.375953  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1482  FMN-binding domain-containing protein  32.86 
 
 		 886 aa  312  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1390  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.04 
 
 		 884 aa  302  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0663  nitrous oxide expression regulator, NosR  32.13 
 
 		 727 aa  298  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1059  FMN-binding domain protein  30.28 
 
 		 873 aa  291  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602709  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1138  FMN-binding domain-containing protein  30.28 
 
 		 873 aa  290  6e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599326  normal  0.568737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3198  FMN-binding  32.28 
 
 		 897 aa  290  9e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4060  FMN-binding domain protein  29.63 
 
 		 887 aa  284  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4172  nitrous oxide expression regulator, NosR  29.63 
 
 		 887 aa  284  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4916  putative transmembrane regulatory protein nosR  31.58 
 
 		 872 aa  283  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1369  transmembrane regulatory nosR transcription regulator protein  31.28 
 
 		 872 aa  280  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0078  regulator of nitric oxide reductase transcription  44.66 
 
 		 625 aa  266  7e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.196865 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_881  NapH protein  33.48 
 
 		 480 aa  105  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0166  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.77 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.37 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2342  FMN-binding domain protein  27.96 
 
 		 453 aa  78.6  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.607847  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0887  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.4 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.523499  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0956  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.09 
 
 		 229 aa  75.1  0.000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.05 
 
 		 591 aa  67.4  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_002936  DET0237  transcriptional regulator, putative  28.17 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.130282  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1289  membrane-bound regulatory protein  29.28 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.18 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310265  normal  0.576374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4220  FMN-binding domain protein  28.5 
 
 		 480 aa  63.9  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000416896  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2650  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.74 
 
 		 357 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000361433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2132  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.04 
 
 		 357 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00995  predicted 4Fe-4S membrane protein  26.74 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0310  transcriptional regulator, putative  27.62 
 
 		 572 aa  63.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1228  4Fe-4S binding domain protein  29.32 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1102  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.74 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1108  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.74 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000240222  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01002  hypothetical protein  26.74 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.682335  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1623  membrane bound regulatory protein, putative  28.16 
 
 		 396 aa  62  0.00000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  26.74 
 
 		 357 aa  62.4  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.74 
 
 		 357 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.16 
 
 		 282 aa  62  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0194  ferredoxin-type protein (NapH)  30.34 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.728865  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.12 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1479  membrane bound regulatory protein, VcrC-like protein  24.88 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00732489  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0463  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.91 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0886  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.57 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1638  FMN-binding domain protein  26.97 
 
 		 373 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000487572  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1343  FMN-binding domain-containing protein  27.85 
 
 		 397 aa  60.5  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000579258  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1973  riboflavin biosynthesis protein ribAB  27.14 
 
 		 270 aa  60.5  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.220327  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3153  iron-sulfur cluster-binding protein  28.95 
 
 		 335 aa  59.3  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.758597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0694  FMN-binding domain protein  29.53 
 
 		 391 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0642  Polyferredoxin-like protein  27.72 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000712923  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.03 
 
 		 524 aa  59.7  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0712  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.28 
 
 		 325 aa  59.7  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000841077  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0698  FMN-binding domain protein  26.51 
 
 		 360 aa  59.7  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.911747  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0297  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  29.13 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.012248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1379  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  23.32 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0798  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.72 
 
 		 356 aa  58.9  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.223587  hitchhiker  0.00276018 
 
 
-
 
NC_002936  DET1596  transcriptional regulator, putative  26.61 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000252282  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2371  iron-sulfur cluster-binding protein  25.73 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000206096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.59 
 
 		 645 aa  57.8  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2165  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.14 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0573677  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.95 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1904  iron-sulfur cluster-binding protein  25.57 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000493805  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.27 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  27.32 
 
 		 334 aa  56.6  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3506  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.81 
 
 		 243 aa  57  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07620  4Fe-4S protein  28.27 
 
 		 292 aa  55.8  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.49628 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1070  ferredoxin  26.72 
 
 		 417 aa  55.1  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>