More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1834 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.84 
 
 		 470 aa  650    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1787  putative tRNA modifying protein  72.18 
 
 		 454 aa  659    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.74 
 
 		 481 aa  694    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  69.18 
 
 		 443 aa  634    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.53 
 
 		 447 aa  639    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  70.23 
 
 		 443 aa  645    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.2 
 
 		 445 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  76.44 
 
 		 437 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.77 
 
 		 441 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.6 
 
 		 472 aa  694    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  69.07 
 
 		 453 aa  634    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  73.33 
 
 		 467 aa  735    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.3 
 
 		 443 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.09 
 
 		 440 aa  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.77 
 
 		 441 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  64.89 
 
 		 479 aa  642    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.03 
 
 		 472 aa  698    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.77 
 
 		 441 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  76.23 
 
 		 485 aa  748    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 		 473 aa  982    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.03 
 
 		 472 aa  699    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.25 
 
 		 472 aa  700    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.16 
 
 		 440 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.71 
 
 		 443 aa  660    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.77 
 
 		 441 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.47 
 
 		 476 aa  703    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.47 
 
 		 476 aa  703    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.62 
 
 		 443 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.76 
 
 		 440 aa  655    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.3 
 
 		 440 aa  651    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.88 
 
 		 480 aa  696    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  76.21 
 
 		 442 aa  712    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.84 
 
 		 443 aa  650    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  73.66 
 
 		 467 aa  736    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  76.29 
 
 		 470 aa  771    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.45 
 
 		 441 aa  715    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.67 
 
 		 493 aa  690    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.03 
 
 		 472 aa  698    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  71.81 
 
 		 455 aa  689    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.77 
 
 		 441 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  68.05 
 
 		 448 aa  632  1e-180  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.44 
 
 		 437 aa  629  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.36 
 
 		 441 aa  629  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.82 
 
 		 441 aa  625  1e-178  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.3 
 
 		 453 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  65.56 
 
 		 454 aa  625  1e-178  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.3 
 
 		 453 aa  624  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.3 
 
 		 453 aa  623  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  65.22 
 
 		 446 aa  622  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.13 
 
 		 443 aa  620  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.22 
 
 		 456 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.14 
 
 		 525 aa  614  9.999999999999999e-175  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  66.67 
 
 		 440 aa  611  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.17 
 
 		 531 aa  611  9.999999999999999e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.56 
 
 		 452 aa  608  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.72 
 
 		 453 aa  608  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.16 
 
 		 453 aa  611  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.94 
 
 		 453 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.72 
 
 		 453 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.94 
 
 		 453 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.5 
 
 		 453 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.01 
 
 		 524 aa  605  9.999999999999999e-173  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.98 
 
 		 461 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.39 
 
 		 461 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.27 
 
 		 468 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.69 
 
 		 463 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.31 
 
 		 463 aa  600  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.58 
 
 		 460 aa  600  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.09 
 
 		 463 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.97 
 
 		 435 aa  596  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 		 463 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 		 463 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.66 
 
 		 453 aa  595  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 		 463 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 		 463 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.88 
 
 		 439 aa  593  1e-168  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 		 463 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.64 
 
 		 463 aa  592  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.78 
 
 		 463 aa  586  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.84 
 
 		 463 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0531  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.66 
 
 		 438 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2055  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.43 
 
 		 466 aa  582  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235641 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.73 
 
 		 471 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.06 
 
 		 463 aa  584  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0566  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.66 
 
 		 437 aa  580  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.24 
 
 		 443 aa  580  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.61 
 
 		 471 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.73 
 
 		 437 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109581  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.44 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.61 
 
 		 468 aa  572  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2620  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.38 
 
 		 441 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364941  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.04 
 
 		 441 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>