More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1613 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  100 
 
 
374 aa  753    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  73.26 
 
 
374 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  57.18 
 
 
374 aa  441  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  48.78 
 
 
374 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  50.13 
 
 
374 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  50.13 
 
 
372 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  49.33 
 
 
374 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  48.77 
 
 
382 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  49.33 
 
 
374 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  49.6 
 
 
374 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  50.94 
 
 
374 aa  370  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  49.6 
 
 
374 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  49.33 
 
 
374 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  49.06 
 
 
374 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  49.06 
 
 
374 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  49.06 
 
 
374 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  48.79 
 
 
374 aa  365  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  50.55 
 
 
373 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  48.77 
 
 
382 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.79 
 
 
374 aa  364  1e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  48.79 
 
 
374 aa  364  1e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  48.79 
 
 
374 aa  364  1e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  48.79 
 
 
374 aa  364  1e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  48.79 
 
 
374 aa  363  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  48.79 
 
 
374 aa  363  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  48.25 
 
 
397 aa  362  4e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  50.27 
 
 
373 aa  362  6e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  46.79 
 
 
375 aa  361  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  50.83 
 
 
382 aa  360  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  48.23 
 
 
376 aa  359  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  47.81 
 
 
373 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  48.36 
 
 
374 aa  355  1e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  46.22 
 
 
376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  50 
 
 
373 aa  352  5.9999999999999994e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  49.05 
 
 
370 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  48.11 
 
 
376 aa  350  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  48.76 
 
 
371 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  49.32 
 
 
379 aa  347  3e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  47.27 
 
 
412 aa  346  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  45.36 
 
 
373 aa  345  8.999999999999999e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  48.09 
 
 
399 aa  343  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  48.09 
 
 
399 aa  343  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  48.62 
 
 
370 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  45.58 
 
 
373 aa  341  9e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  46.99 
 
 
398 aa  341  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  46.83 
 
 
370 aa  341  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  47.27 
 
 
401 aa  341  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  46.36 
 
 
374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  47.98 
 
 
374 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  46.2 
 
 
375 aa  339  5.9999999999999996e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  47.24 
 
 
370 aa  338  9e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  47.58 
 
 
390 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  46.56 
 
 
370 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  46.63 
 
 
373 aa  335  1e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  46.69 
 
 
370 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  48.09 
 
 
375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  45.55 
 
 
372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  44.81 
 
 
371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  47.66 
 
 
370 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  45.58 
 
 
370 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  47.38 
 
 
370 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  45.3 
 
 
393 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  45.58 
 
 
370 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  45.3 
 
 
370 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  43.99 
 
 
379 aa  318  1e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  42.86 
 
 
374 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  42.86 
 
 
374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  42.59 
 
 
374 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  42.59 
 
 
374 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  44.93 
 
 
374 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  42.19 
 
 
374 aa  311  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  44.57 
 
 
375 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  45.08 
 
 
375 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  45.48 
 
 
374 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  45.69 
 
 
350 aa  296  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  44.9 
 
 
374 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  43.05 
 
 
374 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  44.9 
 
 
374 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  31.23 
 
 
381 aa  199  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  28.49 
 
 
368 aa  155  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  30.87 
 
 
377 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  27.32 
 
 
371 aa  146  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3253  ABC-2 type transporter  28.27 
 
 
369 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0790326  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4695  ABC-2 type transporter  27.2 
 
 
370 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.595113 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  27.08 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  27.69 
 
 
368 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  27.69 
 
 
368 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  28.65 
 
 
378 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3003  ABC-2 type transporter  27.47 
 
 
370 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  27.17 
 
 
376 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  27.87 
 
 
368 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>