188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1444 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 396 aa  811    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29 
 
 		 390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  30.97 
 
 		 377 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  30.75 
 
 		 389 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  30.66 
 
 		 389 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.28 
 
 		 389 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  28.24 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.53 
 
 		 389 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  26.79 
 
 		 403 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.73 
 
 		 389 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.79 
 
 		 389 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 389 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  27.3 
 
 		 399 aa  146  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  27.46 
 
 		 407 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  25.58 
 
 		 403 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  27.2 
 
 		 411 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  25.71 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  25.57 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.75 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  25.38 
 
 		 397 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  26.2 
 
 		 393 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.37 
 
 		 387 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.13 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.13 
 
 		 533 aa  89  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  25.07 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  21.37 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  22.28 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.97 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.98 
 
 		 501 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  22.92 
 
 		 496 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  22.16 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.89 
 
 		 525 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  23.37 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  22.41 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0586  membrane protein  21.82 
 
 		 459 aa  72.8  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  22.65 
 
 		 351 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.02 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.36 
 
 		 575 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.53 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  27.34 
 
 		 1117 aa  71.2  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  25.14 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  21.04 
 
 		 361 aa  70.1  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  22.83 
 
 		 539 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.13 
 
 		 502 aa  69.3  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  27.59 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  21.24 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.35 
 
 		 526 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.49 
 
 		 525 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.04 
 
 		 562 aa  66.6  0.0000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 506 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.06 
 
 		 497 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  23.02 
 
 		 381 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  29.33 
 
 		 385 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23 
 
 		 525 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  22.11 
 
 		 527 aa  64.7  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  22.25 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.64 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  22.46 
 
 		 641 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  21.48 
 
 		 506 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.43 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  23.66 
 
 		 519 aa  63.5  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.61 
 
 		 539 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  23.37 
 
 		 529 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.94 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.86 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  20.48 
 
 		 543 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  24.44 
 
 		 459 aa  62.4  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  27.27 
 
 		 437 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  23.47 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.08 
 
 		 538 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  27.01 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  21.35 
 
 		 540 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 		 506 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  23.08 
 
 		 405 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.96 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.95 
 
 		 842 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  28.37 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  21.19 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.76 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  23.24 
 
 		 542 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  22.31 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.36 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  21.69 
 
 		 408 aa  57  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  20.7 
 
 		 432 aa  57.4  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 530 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  30.14 
 
 		 455 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  25.53 
 
 		 479 aa  55.8  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.56 
 
 		 412 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  30.14 
 
 		 455 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  23.39 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.36 
 
 		 366 aa  55.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  25.78 
 
 		 406 aa  54.7  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  19.84 
 
 		 381 aa  54.7  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  23.4 
 
 		 388 aa  54.7  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  21.08 
 
 		 536 aa  54.7  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.55 
 
 		 530 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  25.56 
 
 		 388 aa  54.3  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  21.84 
 
 		 469 aa  53.9  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>