More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1420 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2112  2-methylcitrate synthase  89.84 
 
 		 374 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2821  putative 2-methylcitrate synthase  87.43 
 
 		 374 aa  706    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.702751  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1821  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  90.64 
 
 		 374 aa  725    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1665  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  89.3 
 
 		 374 aa  721    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2498  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  90.11 
 
 		 374 aa  723    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0246552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1420  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  100 
 
 		 374 aa  786    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1858  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  92.25 
 
 		 374 aa  732    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2321  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  88.47 
 
 		 384 aa  707    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1868  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  82.35 
 
 		 376 aa  669    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.650369  normal  0.135048 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0344  methylcitrate synthase  77.9 
 
 		 375 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3645  methylcitrate synthase  77.36 
 
 		 375 aa  607  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4141  methylcitrate synthase  77.21 
 
 		 379 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4048  methylcitrate synthase  77.09 
 
 		 375 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3630  methylcitrate synthase  77.09 
 
 		 375 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4022  methylcitrate synthase  77.09 
 
 		 375 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3946  methylcitrate synthase  77.09 
 
 		 375 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3826  methylcitrate synthase  77.63 
 
 		 375 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3295  methylcitrate synthase  76.14 
 
 		 378 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.11596 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0314  methylcitrate synthase  76.82 
 
 		 375 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1198  methylcitrate synthase  73.85 
 
 		 376 aa  592  1e-168  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1765  methylcitrate synthase  74.66 
 
 		 375 aa  587  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.924616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1665  methylcitrate synthase  74.46 
 
 		 377 aa  590  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2335  methylcitrate synthase  74.12 
 
 		 375 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218689  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3435  methylcitrate synthase  74.12 
 
 		 375 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.01089  normal  0.171025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2288  2-methylcitrate synthase  74.39 
 
 		 375 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.037213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1776  methylcitrate synthase  72.78 
 
 		 375 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549839  hitchhiker  0.000461346 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1936  methylcitrate synthase  73.32 
 
 		 375 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.686847  hitchhiker  0.000000858753 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03371  methylcitrate synthase  73.58 
 
 		 373 aa  579  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2086  methylcitrate synthase  74.12 
 
 		 375 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440425  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53950  methylcitrate synthase  73.05 
 
 		 375 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4723  methylcitrate synthase  73.05 
 
 		 375 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1310  methylcitrate synthase  72.78 
 
 		 375 aa  573  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1111  methylcitrate synthase  71.97 
 
 		 379 aa  565  1e-160  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2420  2-methylcitrate synthase  71.39 
 
 		 375 aa  566  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0822163  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2604  2-methylcitrate synthase  71.39 
 
 		 374 aa  561  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121252  hitchhiker  0.000290432 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1071  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  69.46 
 
 		 373 aa  553  1e-156  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.66322  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0953  methylcitrate synthase  69.62 
 
 		 377 aa  544  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02396  methylcitrate synthase  69.54 
 
 		 380 aa  543  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0924  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  68.35 
 
 		 379 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003389  2-methylcitrate synthase  67.65 
 
 		 380 aa  531  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1176  2-methylcitrate synthase  60.05 
 
 		 372 aa  474  1e-132  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.831059  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0820  2-methylcitrate synthase  60.05 
 
 		 372 aa  474  1e-132  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1487  2-methylcitrate synthase  58.74 
 
 		 372 aa  468  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1496  2-methylcitrate synthase  58.74 
 
 		 372 aa  468  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2208  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  58.42 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.539974  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0072  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  56.44 
 
 		 372 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0142  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  428  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482229  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5388  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5345  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5516  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4756  methylcitrate synthase  54.5 
 
 		 390 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3288  methylcitrate synthase  54.01 
 
 		 390 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281405  normal  0.014196 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4841  methylcitrate synthase  53.74 
 
 		 390 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.994856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23220  methylcitrate synthase  52.86 
 
 		 387 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0121  methylcitrate synthase  52.94 
 
 		 387 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2401  2-methylcitrate synthase  53.15 
 
 		 371 aa  420  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.612256  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0383  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679335  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1869  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0878  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2142  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1737  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1165  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0289  methylcitrate synthase  52.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3974  methylcitrate synthase  51.6 
 
 		 389 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0651061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2329  methylcitrate synthase  50.8 
 
 		 393 aa  411  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2188  methylcitrate synthase  51.6 
 
 		 390 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3860  methylcitrate synthase  51.6 
 
 		 389 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02719  methylcitrate synthase  51.5 
 
 		 384 aa  411  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.966086  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2900  methylcitrate synthase  52.04 
 
 		 395 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6860  methylcitrate synthase  51.5 
 
 		 395 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632501  normal  0.17935 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6081  methylcitrate synthase  50.27 
 
 		 389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.662054 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3029  methylcitrate synthase  50.53 
 
 		 385 aa  405  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2302  methylcitrate synthase  50.8 
 
 		 389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.459531  normal  0.256502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4790  methylcitrate synthase  51.34 
 
 		 385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.427382  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6707  methylcitrate synthase  50.8 
 
 		 389 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0404  methylcitrate synthase  51.06 
 
 		 389 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0364  methylcitrate synthase  51.06 
 
 		 389 aa  401  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5862  methylcitrate synthase  50.27 
 
 		 398 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1809  methylcitrate synthase  50 
 
 		 384 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0357  methylcitrate synthase  51.06 
 
 		 389 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1508  methylcitrate synthase  51.07 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.83768  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4355  methylcitrate synthase  51.07 
 
 		 391 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2081  methylcitrate synthase  50.8 
 
 		 404 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.847456  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1586  methylcitrate synthase  49.73 
 
 		 385 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000154256  normal  0.49975 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00287  2-methylcitrate synthase  51.06 
 
 		 389 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00291  hypothetical protein  51.06 
 
 		 389 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3273  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  51.06 
 
 		 389 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3292  methylcitrate synthase  51.06 
 
 		 389 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2319  methylcitrate synthase  51.6 
 
 		 386 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.16364  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0398  methylcitrate synthase  51.06 
 
 		 389 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0463  methylcitrate synthase  50 
 
 		 389 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0401  methylcitrate synthase  50 
 
 		 389 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.600733  hitchhiker  0.00000000076827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3511  methylcitrate synthase  51.08 
 
 		 390 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106101 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0621  methylcitrate synthase  48.66 
 
 		 383 aa  396  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0403  methylcitrate synthase  50 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0421  methylcitrate synthase  50 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0866  methylcitrate synthase  50.14 
 
 		 391 aa  393  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2647  methylcitrate synthase  50.41 
 
 		 394 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2079  methylcitrate synthase  50.41 
 
 		 386 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.340874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1635  methylcitrate synthase  50.41 
 
 		 386 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>