More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1356 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  624  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 		 301 aa  425  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 297 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02668  transcriptional regulator, LysR family protein  65.65 
 
 		 231 aa  325  5e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.687867  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 302 aa  311  9e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 310 aa  305  5.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 313 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 313 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 313 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 317 aa  295  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 		 318 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 316 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 316 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 316 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.56 
 
 		 293 aa  262  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 298 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.86 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 303 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 303 aa  242  7e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  242  7e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  39.44 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.99 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1254  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.75 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.28 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  38.95 
 
 		 290 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1111  carbonate dehydratase  39.93 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 295 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  37.79 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  35.55 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 288 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.52 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 315 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.54 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 288 aa  209  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>