More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1344 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02805  TonB-dependent receptor  48.91 
 
 		 696 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00354555  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 687 aa  1400    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  44.9 
 
 		 726 aa  582  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  38.3 
 
 		 714 aa  457  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  36.18 
 
 		 713 aa  423  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 712 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  35.87 
 
 		 736 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  35.61 
 
 		 732 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 743 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  34.28 
 
 		 748 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  34.28 
 
 		 757 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  35.1 
 
 		 743 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  35.5 
 
 		 744 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  35.06 
 
 		 744 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  35.69 
 
 		 729 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  34.16 
 
 		 733 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  34.96 
 
 		 729 aa  395  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 		 733 aa  392  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  33.75 
 
 		 730 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 744 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 697 aa  336  7e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 690 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 690 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 774 aa  152  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 720 aa  147  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 733 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 713 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 703 aa  144  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.03 
 
 		 715 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 743 aa  140  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 732 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  24.97 
 
 		 776 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 783 aa  137  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 764 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 853 aa  136  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 763 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 746 aa  136  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  24.38 
 
 		 695 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 851 aa  134  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 758 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 700 aa  130  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 737 aa  128  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 731 aa  127  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 724 aa  127  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 704 aa  127  9e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 729 aa  127  9e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 751 aa  127  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 		 718 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 687 aa  124  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 730 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 702 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 733 aa  123  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 758 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  22.93 
 
 		 767 aa  123  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 771 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 728 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 686 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 743 aa  118  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 747 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 731 aa  118  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1486  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 693 aa  117  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.643669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 766 aa  117  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 753 aa  117  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 734 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 774 aa  114  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 758 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 758 aa  113  9e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 764 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 765 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 732 aa  112  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 763 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 765 aa  111  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 802 aa  111  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 750 aa  111  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 695 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  22.02 
 
 		 790 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 730 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 784 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 738 aa  109  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.35 
 
 		 759 aa  108  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  24.57 
 
 		 692 aa  108  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 719 aa  106  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 758 aa  107  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  21.9 
 
 		 803 aa  106  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 713 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 694 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 713 aa  106  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 685 aa  106  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 759 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 722 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 720 aa  104  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 767 aa  104  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 780 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 758 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  24.97 
 
 		 685 aa  102  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 685 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 712 aa  102  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 		 731 aa  102  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 817 aa  102  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.11 
 
 		 755 aa  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>