More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1266 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
464 aa  946    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  36.55 
 
 
441 aa  270  5.9999999999999995e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.02 
 
 
442 aa  261  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.28 
 
 
432 aa  249  9e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  36.3 
 
 
443 aa  248  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.28 
 
 
432 aa  247  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.66 
 
 
436 aa  246  6.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
432 aa  246  9e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  36.22 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 
451 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.66 
 
 
440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 
460 aa  244  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
431 aa  244  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.83 
 
 
432 aa  242  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 
460 aa  242  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.65 
 
 
430 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.62 
 
 
425 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.17 
 
 
430 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.27 
 
 
462 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.41 
 
 
430 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.41 
 
 
430 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  36.4 
 
 
448 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.17 
 
 
430 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 
448 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.75 
 
 
474 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.02 
 
 
449 aa  233  6e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  35.02 
 
 
449 aa  232  1e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.03 
 
 
486 aa  232  1e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.05 
 
 
460 aa  227  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.58 
 
 
439 aa  226  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.89 
 
 
491 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.68 
 
 
491 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.99 
 
 
469 aa  218  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.43 
 
 
436 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  33.98 
 
 
427 aa  218  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.67 
 
 
488 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  34.4 
 
 
476 aa  216  8e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 
496 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 
419 aa  212  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.08 
 
 
494 aa  209  7e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.03 
 
 
426 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.56 
 
 
465 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.18 
 
 
465 aa  206  6e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.41 
 
 
465 aa  206  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.65 
 
 
442 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.61 
 
 
465 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.71 
 
 
476 aa  201  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  30 
 
 
431 aa  196  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.1 
 
 
425 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  30.18 
 
 
431 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  31.85 
 
 
497 aa  195  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.88 
 
 
439 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  32.19 
 
 
464 aa  192  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.05 
 
 
445 aa  189  8e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.04 
 
 
470 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
429 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.68 
 
 
436 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  29.98 
 
 
420 aa  179  8e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.08 
 
 
489 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.66 
 
 
426 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.23 
 
 
435 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  38.77 
 
 
492 aa  177  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.77 
 
 
492 aa  177  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  38.46 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.85 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.51 
 
 
494 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  33.99 
 
 
435 aa  172  9e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  30.57 
 
 
472 aa  172  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
445 aa  170  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.99 
 
 
476 aa  167  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31 
 
 
468 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
472 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.1 
 
 
473 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  30.63 
 
 
487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.29 
 
 
427 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  35.58 
 
 
442 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.18 
 
 
427 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  31.01 
 
 
484 aa  163  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.18 
 
 
427 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  33.04 
 
 
445 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  31.84 
 
 
462 aa  160  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  31.73 
 
 
434 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.21 
 
 
472 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  30.71 
 
 
430 aa  158  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.86 
 
 
473 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  31.85 
 
 
445 aa  155  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.23 
 
 
418 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.35 
 
 
473 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.35 
 
 
473 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.84 
 
 
438 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.85 
 
 
442 aa  151  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1629  PP family ATPase  33.33 
 
 
476 aa  146  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379742  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.01 
 
 
326 aa  146  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.78 
 
 
319 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>