205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1201 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1201  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
918 aa  1854    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.173975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0419  TPR repeat-containing protein  26.23 
 
 
917 aa  244  5e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0310  TPR domain-containing protein  25.28 
 
 
892 aa  224  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0528  TPR domain-containing protein  25.32 
 
 
917 aa  214  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0195  TPR repeat-containing protein  24.97 
 
 
931 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0376  tetratricopeptide TPR_4  25.52 
 
 
929 aa  190  8e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03692  TPR domain protein  24.36 
 
 
924 aa  188  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0196  TPR repeat-containing protein  24.09 
 
 
927 aa  171  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.935444 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0309  TPR domain-containing protein  27.09 
 
 
914 aa  146  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2439  TPR repeat-containing protein  23.43 
 
 
923 aa  143  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.427579  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1628  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  21.59 
 
 
924 aa  143  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.57702  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01310  TPR domain protein  23.9 
 
 
893 aa  138  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0705  tetratricopeptide TPR_2  23.93 
 
 
924 aa  137  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1943  TPR repeat-containing protein  23.94 
 
 
952 aa  132  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  21.66 
 
 
934 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1530  TPR repeat-containing protein  22.1 
 
 
873 aa  111  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0304158  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  22.35 
 
 
955 aa  107  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  22.2 
 
 
935 aa  106  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2032  TPR repeat-containing protein  22.56 
 
 
883 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.192732  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2393  TPR repeat-containing protein  21.95 
 
 
944 aa  99.4  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2478  TPR repeat-containing protein  20.97 
 
 
884 aa  96.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.599046  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1338  tetratricopeptide TPR_2  23.98 
 
 
931 aa  94.4  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.18 
 
 
557 aa  89  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3097  hypothetical protein  21.11 
 
 
933 aa  77  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681672  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0617  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.21 
 
 
579 aa  74.7  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  22.21 
 
 
884 aa  74.3  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  24.69 
 
 
574 aa  73.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1620  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 
900 aa  71.6  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0588  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.62 
 
 
571 aa  71.6  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.795395  normal  0.0835537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2480  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  21.8 
 
 
882 aa  71.2  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  34.38 
 
 
619 aa  67.4  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0694  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.44 
 
 
577 aa  67.4  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  33.09 
 
 
613 aa  67  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  21.08 
 
 
1979 aa  66.2  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0828  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 
886 aa  65.5  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  33.09 
 
 
613 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  37.07 
 
 
607 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  33.09 
 
 
613 aa  65.5  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  24.48 
 
 
556 aa  65.1  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  21.68 
 
 
1069 aa  64.7  0.000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 
592 aa  64.3  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  37.07 
 
 
607 aa  64.3  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  35.19 
 
 
635 aa  63.9  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  37.07 
 
 
607 aa  64.3  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  30.72 
 
 
645 aa  63.9  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  31.53 
 
 
609 aa  63.9  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1063  TPR repeat-containing protein  26.95 
 
 
1129 aa  63.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.72 
 
 
645 aa  63.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  25.64 
 
 
575 aa  62.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
572 aa  62.4  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 
599 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  36.21 
 
 
607 aa  62.4  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  36.21 
 
 
607 aa  62.4  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  36.21 
 
 
607 aa  62.4  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 
574 aa  62.4  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  33.33 
 
 
573 aa  62  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0178  hypothetical protein  24.43 
 
 
880 aa  62  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0441956  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  23.2 
 
 
1694 aa  61.6  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1618  TPR repeat-containing protein  22.8 
 
 
586 aa  61.2  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.73577 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0523  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.19 
 
 
582 aa  60.8  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0423  TPR repeat-containing protein  34.86 
 
 
880 aa  60.8  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0262641 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 
607 aa  60.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  31.65 
 
 
642 aa  60.1  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  34.01 
 
 
616 aa  60.1  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4396  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.29 
 
 
602 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  30.82 
 
 
591 aa  59.7  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  30.71 
 
 
595 aa  60.1  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 
642 aa  60.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  23.92 
 
 
573 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  29.63 
 
 
572 aa  58.9  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  37.27 
 
 
595 aa  58.9  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.32 
 
 
566 aa  58.9  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1768  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 
492 aa  58.9  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  22.1 
 
 
860 aa  58.9  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  29.41 
 
 
590 aa  58.9  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  36.21 
 
 
606 aa  58.2  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  23.66 
 
 
586 aa  58.2  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3694  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 
638 aa  58.2  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663272  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 
585 aa  57.8  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  23.71 
 
 
573 aa  57.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
594 aa  57.4  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  33.98 
 
 
616 aa  56.6  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.39 
 
 
571 aa  56.6  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 
581 aa  57  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  28.57 
 
 
575 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  32.12 
 
 
584 aa  57  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
767 aa  56.2  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  32.08 
 
 
566 aa  56.2  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  26.21 
 
 
425 aa  55.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  20.77 
 
 
565 aa  55.8  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2327  TPR repeat-containing protein  26.25 
 
 
1023 aa  55.8  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.930727  normal  0.708749 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 
566 aa  55.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 
594 aa  55.1  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>