179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1143 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 377 aa  775    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.67 
 
 		 390 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.39 
 
 		 389 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  30.86 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.62 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  30.62 
 
 		 389 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.11 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  30.97 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.38 
 
 		 389 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.38 
 
 		 389 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  28.03 
 
 		 399 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  27.78 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  28.57 
 
 		 403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  27.5 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  27.7 
 
 		 398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  29.38 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  29.51 
 
 		 397 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  28.26 
 
 		 403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  28.57 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  30.27 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  26.63 
 
 		 393 aa  94.7  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.99 
 
 		 575 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.43 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  27.22 
 
 		 627 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  23.12 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.14 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  23.81 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.55 
 
 		 844 aa  78.2  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.46 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  26.79 
 
 		 539 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.4 
 
 		 496 aa  72  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.99 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  20.51 
 
 		 459 aa  70.1  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  22.51 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 506 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  26.65 
 
 		 641 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  24.27 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  23.85 
 
 		 542 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.46 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 525 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  22.06 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.67 
 
 		 501 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  24.44 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.29 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  25.26 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  25.34 
 
 		 519 aa  63.9  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  31.15 
 
 		 553 aa  63.9  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  23 
 
 		 444 aa  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.76 
 
 		 502 aa  63.5  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  24.23 
 
 		 536 aa  63.2  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 526 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.65 
 
 		 525 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  25.28 
 
 		 408 aa  62.8  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 570 aa  62.8  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.1 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  23.84 
 
 		 381 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  21.24 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  21.93 
 
 		 361 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  23.3 
 
 		 540 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  22.57 
 
 		 497 aa  62  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.87 
 
 		 506 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.04 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.71 
 
 		 533 aa  60.8  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.85 
 
 		 538 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  22.93 
 
 		 529 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  23.36 
 
 		 521 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  22.16 
 
 		 524 aa  59.7  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  21.86 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  27.73 
 
 		 1117 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  20.98 
 
 		 381 aa  58.9  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  22.65 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.67 
 
 		 525 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.64 
 
 		 534 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  21.45 
 
 		 391 aa  57.8  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  26.38 
 
 		 455 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  25.98 
 
 		 455 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  23.67 
 
 		 844 aa  57  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.62 
 
 		 530 aa  57  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.85 
 
 		 530 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.39 
 
 		 425 aa  56.2  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  23.2 
 
 		 555 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  24.86 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  25.2 
 
 		 455 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  25.68 
 
 		 476 aa  54.7  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.81 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.64 
 
 		 403 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.1 
 
 		 534 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  18.98 
 
 		 372 aa  53.1  0.000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  22.12 
 
 		 372 aa  53.1  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  20.71 
 
 		 374 aa  53.1  0.000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  19.93 
 
 		 842 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4367  PepSY-associated TM helix domain protein  25.37 
 
 		 370 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0495183  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  27.17 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  21.32 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  21.17 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.9 
 
 		 482 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  26.4 
 
 		 487 aa  51.2  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  22.83 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>