More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1142 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  59.3 
 
 		 748 aa  834    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  59.3 
 
 		 748 aa  834    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  57.98 
 
 		 740 aa  821    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  59.36 
 
 		 737 aa  835    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  59 
 
 		 749 aa  828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 711 aa  1451    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  60.78 
 
 		 742 aa  862    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  61.05 
 
 		 742 aa  859    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  63.4 
 
 		 712 aa  879    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  60.64 
 
 		 738 aa  858    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01148  TonB-dependent outer membrane Receptor  40.73 
 
 		 708 aa  509  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0846293  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2461  TonB-dependent siderophore receptor  40.91 
 
 		 713 aa  503  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1527  TonB-dependent siderophore receptor  38.81 
 
 		 714 aa  473  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.698269  normal  0.163231 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  29.78 
 
 		 817 aa  257  7e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 715 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  27.99 
 
 		 694 aa  231  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2239  TonB-dependent siderophore receptor  27.92 
 
 		 789 aa  230  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.609704 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  27.52 
 
 		 715 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  28.61 
 
 		 724 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  27.88 
 
 		 770 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 		 710 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  28.49 
 
 		 723 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  28.1 
 
 		 710 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  28.61 
 
 		 724 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  27.92 
 
 		 707 aa  221  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4039  TonB-dependent siderophore receptor  26.01 
 
 		 814 aa  221  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  28.95 
 
 		 689 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4298  TonB-dependent siderophore receptor  26.53 
 
 		 824 aa  219  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.742577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 738 aa  218  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  29.06 
 
 		 702 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  29.06 
 
 		 702 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  28.07 
 
 		 734 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  27.95 
 
 		 701 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  28.2 
 
 		 720 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 		 850 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 		 701 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  28.88 
 
 		 701 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  29.96 
 
 		 701 aa  213  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  27.91 
 
 		 720 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1202  TonB-dependent siderophore receptor  27.83 
 
 		 714 aa  212  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534631  normal  0.117708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  28.05 
 
 		 720 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  29.14 
 
 		 822 aa  212  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  28.1 
 
 		 712 aa  212  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  29.96 
 
 		 701 aa  212  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  28.59 
 
 		 815 aa  211  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  28.26 
 
 		 837 aa  211  5e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  28.88 
 
 		 701 aa  210  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  28.88 
 
 		 701 aa  210  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  27.91 
 
 		 720 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 		 714 aa  209  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  26.79 
 
 		 799 aa  209  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  28.1 
 
 		 792 aa  209  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  29.69 
 
 		 707 aa  209  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  27.73 
 
 		 732 aa  207  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  27.38 
 
 		 719 aa  207  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  27.98 
 
 		 757 aa  206  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_003296  RS03023  putative ferrisiderophore receptor protein  28.42 
 
 		 703 aa  206  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 794 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3773  TonB-dependent siderophore receptor  27.55 
 
 		 701 aa  206  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  29.59 
 
 		 709 aa  205  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  26.9 
 
 		 695 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  27.79 
 
 		 722 aa  203  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 820 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  28.01 
 
 		 828 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  28.01 
 
 		 828 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4225  TonB-dependent siderophore receptor  27.34 
 
 		 689 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  26.01 
 
 		 723 aa  202  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  27.13 
 
 		 708 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  27.66 
 
 		 828 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  26.42 
 
 		 757 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  27.63 
 
 		 802 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  27.14 
 
 		 703 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  26.56 
 
 		 711 aa  201  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  28.25 
 
 		 829 aa  200  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2463  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.12 
 
 		 703 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302631  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0010  TonB-dependent siderophore receptor  27.77 
 
 		 864 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.144404  decreased coverage  0.00213669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 706 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  26.66 
 
 		 703 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 706 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  26.27 
 
 		 709 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0285  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 752 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0472595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 722 aa  198  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  27.87 
 
 		 692 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.87 
 
 		 806 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  27.85 
 
 		 859 aa  198  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1622  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 736 aa  198  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0876  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 736 aa  198  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.195373  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  27.77 
 
 		 753 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1178  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 741 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0776508  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 720 aa  198  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  27.77 
 
 		 753 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  25.47 
 
 		 705 aa  197  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  27.38 
 
 		 738 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  26.51 
 
 		 736 aa  197  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  27.77 
 
 		 737 aa  197  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  27.94 
 
 		 860 aa  197  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0150  TonB-dependent siderophore receptor  27.94 
 
 		 843 aa  197  7e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  27.58 
 
 		 689 aa  196  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 		 721 aa  196  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  27.3 
 
 		 727 aa  195  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>