More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0932 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
840 aa  1693    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  75.31 
 
 
961 aa  1263    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  38.96 
 
 
843 aa  485  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  38.33 
 
 
853 aa  465  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  37.71 
 
 
795 aa  464  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  34.8 
 
 
815 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 
803 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  34.92 
 
 
821 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  37.08 
 
 
842 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  35.99 
 
 
817 aa  449  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  37.8 
 
 
797 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 
812 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 
797 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  36.28 
 
 
797 aa  438  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 
797 aa  438  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 
812 aa  439  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  36.96 
 
 
795 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  37.61 
 
 
784 aa  439  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 
812 aa  438  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 
797 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  34.98 
 
 
832 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  36.52 
 
 
811 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  35.18 
 
 
793 aa  429  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  34.71 
 
 
793 aa  424  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  35.6 
 
 
788 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  35.6 
 
 
788 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  35.25 
 
 
800 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  34.8 
 
 
795 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  34.39 
 
 
811 aa  409  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  35.24 
 
 
800 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  35.13 
 
 
803 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  33.76 
 
 
817 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  33.94 
 
 
823 aa  398  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 
835 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 
811 aa  395  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 
853 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  33.41 
 
 
871 aa  389  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  33.87 
 
 
918 aa  385  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  32.81 
 
 
864 aa  382  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 
948 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  33.91 
 
 
804 aa  379  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 
847 aa  379  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 
933 aa  377  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 
868 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  33.22 
 
 
867 aa  375  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  32.1 
 
 
856 aa  372  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  34.33 
 
 
799 aa  370  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  33.86 
 
 
833 aa  372  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  31.19 
 
 
851 aa  371  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  33.18 
 
 
848 aa  368  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  32.36 
 
 
858 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 
861 aa  366  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  33.45 
 
 
884 aa  361  3e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  33.84 
 
 
883 aa  357  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  33.29 
 
 
815 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  34.25 
 
 
847 aa  354  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  33.45 
 
 
800 aa  351  3e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  32.98 
 
 
858 aa  347  4e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  32.46 
 
 
924 aa  347  5e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  30.58 
 
 
818 aa  343  7e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 
924 aa  343  1e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  31.34 
 
 
870 aa  339  1.9999999999999998e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 
987 aa  338  1.9999999999999998e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 
849 aa  334  5e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 
850 aa  330  5.0000000000000004e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  32.78 
 
 
842 aa  330  8e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  31.63 
 
 
885 aa  327  5e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  29.58 
 
 
873 aa  323  6e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 
887 aa  323  9.000000000000001e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  30.7 
 
 
874 aa  322  9.999999999999999e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  31.25 
 
 
816 aa  318  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 
872 aa  315  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
947 aa  307  5.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  30.58 
 
 
813 aa  302  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 
852 aa  270  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 
867 aa  224  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
879 aa  222  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
857 aa  219  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 
867 aa  217  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  32.52 
 
 
877 aa  217  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 
869 aa  211  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  30.17 
 
 
1015 aa  205  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 
870 aa  201  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  28.37 
 
 
948 aa  167  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
869 aa  164  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
873 aa  158  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 
841 aa  156  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 
853 aa  156  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 
817 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
867 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
836 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
867 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
867 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 
866 aa  153  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 
873 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  27.19 
 
 
853 aa  152  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 
867 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 
838 aa  151  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  28.11 
 
 
853 aa  151  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  28.11 
 
 
853 aa  150  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>