More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0906 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
273 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.127379  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000076045 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
261 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
264 aa  209  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.711928  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
260 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.756544 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
257 aa  202  5e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000620196  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
263 aa  194  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
260 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
272 aa  188  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.514892 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
271 aa  186  3e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708878  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1011  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
258 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.968961  hitchhiker  0.00922057 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
264 aa  186  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2321  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  38.93 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.195083 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
262 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
262 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
259 aa  177  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0177311  normal  0.151964 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
269 aa  177  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
256 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
263 aa  172  5.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0477636 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
275 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
264 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000179752 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0351  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
291 aa  169  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
263 aa  168  8e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.577459 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
264 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0188274  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
255 aa  162  8.000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
263 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
257 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
259 aa  159  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.996462  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
271 aa  158  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
255 aa  156  4e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000634692  hitchhiker  0.00117931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
269 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00421935 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.71 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
259 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
266 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
257 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1015  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.39 
 
 
263 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1145  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 
321 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
267 aa  152  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.322734  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
256 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.227726  hitchhiker  0.00265893 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
261 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000113464  decreased coverage  0.000120518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
262 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18580  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.4 
 
 
258 aa  149  4e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.489964  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
344 aa  149  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
262 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2064  oxidoreductase ( short-chain dehydrogenase)  39.71 
 
 
264 aa  149  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.694867  normal  0.0846624 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00673203  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000709968  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11577  ketoacyl reductase  38.02 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3621  short-chain dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  146  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5585  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
265 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.892025  normal  0.853623 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  35.92 
 
 
266 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.25 
 
 
266 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2906  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.24 
 
 
257 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
258 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0353  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
265 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.45647  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0350  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.18 
 
 
259 aa  142  5e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000771311  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1382  hypothetical protein  33.73 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0344  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  33.33 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
360 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2063  short-chain dehydrogenase  37.25 
 
 
261 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0247773  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.66 
 
 
258 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1378  hypothetical protein  33.73 
 
 
259 aa  139  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
273 aa  139  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
258 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2585  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.73 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
268 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.700313  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
257 aa  137  2e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
284 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.235547  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
298 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0468951  hitchhiker  0.00252787 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
343 aa  135  7.000000000000001e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.019294  hitchhiker  0.000464867 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
269 aa  135  9e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
260 aa  132  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
269 aa  132  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
269 aa  132  6.999999999999999e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  131  9e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.859893  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.43 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.623441 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0605466  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.162957 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
262 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1556  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.596662  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.76 
 
 
264 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1969  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.65 
 
 
260 aa  127  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.76 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
264 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>