More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0875 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0875  major facilitator transporter  100 
 
 		 403 aa  785    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3440  major facilitator transporter  34.63 
 
 		 402 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5599  MFS permease  34.28 
 
 		 409 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0103411  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3203  major facilitator family transporter  33.59 
 
 		 396 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0711  major facilitator transporter  30.53 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6118  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 409 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6406  major facilitator transporter  33.87 
 
 		 409 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0013  major facilitator superfamily MFS_1  33.24 
 
 		 388 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3196  major facilitator transporter  32.27 
 
 		 414 aa  149  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6916  major facilitator transporter  29.79 
 
 		 409 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4891  major facilitator transporter  29.79 
 
 		 409 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3273  major facilitator transporter  29.79 
 
 		 409 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0542458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1994  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1662  major facilitator superfamily MFS_1  31.58 
 
 		 381 aa  133  6e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.127475 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3394  GGDEF  29.1 
 
 		 421 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.50121 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2059  major facilitator superfamily protein  25.3 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1855  major facilitator superfamily protein  25.12 
 
 		 423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.14226  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1679  major facilitator superfamily protein  25.36 
 
 		 423 aa  121  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2615  major facilitator superfamily MFS_1  29.38 
 
 		 414 aa  110  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0297  hypothetical protein  30.05 
 
 		 373 aa  109  1e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2112  major facilitator transporter  29.01 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4214  major facilitator superfamily MFS_1  27.32 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3637  major facilitator transporter  27.22 
 
 		 405 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476152  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2615  major facilitator transporter  29.51 
 
 		 404 aa  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.164819 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1647  major facilitator superfamily protein  30.65 
 
 		 386 aa  93.2  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.761188  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2983  major facilitator superfamily MFS_1  26.15 
 
 		 404 aa  89.7  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0679  major facilitator transporter  29.49 
 
 		 357 aa  89.7  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.853953  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4231  major facilitator superfamily MFS_1  26.22 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  29.32 
 
 		 383 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2117  major facilitator superfamily MFS_1  31.68 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000191868  normal  0.363164 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2090  major facilitator transporter  27.02 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.106737  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0790  major facilitator superfamily MFS_1  27.19 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.284205  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0273  major facilitator transporter  25 
 
 		 405 aa  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.473201  normal  0.019317 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1268  major facilitator superfamily transporter  30.72 
 
 		 388 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.925266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0227  major facilitator superfamily MFS_1  32.67 
 
 		 390 aa  75.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000142544  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2358  major facilitator superfamily MFS_1  30.3 
 
 		 439 aa  74.3  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2576  major facilitator superfamily MFS_1  25.52 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.309715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3739  major facilitator transporter  26.41 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3924  major facilitator superfamily MFS_1  24.93 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1447  major facilitator superfamily MFS_1  28.44 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.320461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  27.69 
 
 		 392 aa  70.5  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  29.11 
 
 		 401 aa  69.7  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  29.01 
 
 		 408 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1892  hypothetical protein  25 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000660626  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1574  major facilitator superfamily permease  27.16 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0848  major facilitator transporter  25.75 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.589458  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1775  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.57 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394194  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  24.42 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1653  major facilitator superfamily MFS_1  27.09 
 
 		 392 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0146262  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0116  major facilitator transporter  29.94 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3646  major facilitator transporter  26.15 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.51 
 
 		 401 aa  65.1  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2219  major facilitator transporter  23.61 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1678  major facilitator transporter  26.33 
 
 		 474 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  31.82 
 
 		 428 aa  63.5  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1901  major facilitator superfamily MFS_1  30.34 
 
 		 405 aa  63.5  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0704  major facilitator superfamily MFS_1  22.89 
 
 		 394 aa  62  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0070  major facilitator transporter  36.88 
 
 		 438 aa  61.6  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1035  major facilitator transporter  29.94 
 
 		 456 aa  62.4  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.46638  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0734  major facilitator superfamily permease  23.23 
 
 		 401 aa  62  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00142824  normal  0.0126136 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  26.4 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.93 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0325  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.43 
 
 		 402 aa  61.2  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  28.77 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0527  MDR-like permease  26.63 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  29.85 
 
 		 414 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0266  tetracycline resistance protein  29.84 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.968173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  27.21 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0909  major facilitator transporter  28.33 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1577  major facilitator transporter  24.18 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0471047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0686  major facilitator superfamily MFS_1  24.43 
 
 		 411 aa  59.7  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.626773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0383  major facilitator superfamily permease  28.13 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1726  major facilitator transporter  27.13 
 
 		 421 aa  59.7  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1785  major facilitator transporter  27.13 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00132489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2776  major facilitator superfamily MFS_1  25.96 
 
 		 406 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00570116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  27.41 
 
 		 414 aa  59.7  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2281  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  24.17 
 
 		 412 aa  59.7  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000081602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3588  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.04 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0134  major facilitator superfamily permease  27.37 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.7 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3948  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.27 
 
 		 402 aa  59.7  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2215  major facilitator superfamily MFS_1  27.85 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0909109  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4555  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  25.85 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1706  major facilitator transporter  31.53 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.20478  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3710  major facilitator superfamily MFS_1  24.24 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0278081  normal  0.010262 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3750  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.85 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  32.42 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1939  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.17 
 
 		 537 aa  58.5  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.926976  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.3 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.35 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.35 
 
 		 401 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.5 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.187977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  28.22 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.35 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1145  major facilitator transporter  25.23 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.667647  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3823  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.85 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.51 
 
 		 425 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002192  putative MFS transporter  25.81 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0137434  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0045  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0327786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1378  multidrug resistance efflux transporter, putative  23.08 
 
 		 433 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.993613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>