286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0821 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_1559  glycoside hydrolase family protein  37.61 
 
 
1084 aa  699  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000116157  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1625  glycoside hydrolase family 42 protein  38.75 
 
 
1084 aa  720  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00573488  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0375  beta-D-galactosidase  36.4 
 
 
1024 aa  649  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.67859e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3614  glycoside hydrolase family protein  36.33 
 
 
1094 aa  669  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1221  beta-galactosidase  36.48 
 
 
1455 aa  691  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4065  glycoside hydrolase family protein  35.6 
 
 
1045 aa  653  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.212111  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2717  Beta-galactosidase  36.28 
 
 
1045 aa  640  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.945973 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4139  Beta-galactosidase  36.87 
 
 
1129 aa  671  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.852691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0821  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
1079 aa  2247  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00114768  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00302  hypothetical protein  36.08 
 
 
1024 aa  638  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  3.75259e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00275  beta-D-galactosidase  36.75 
 
 
1041 aa  635  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4484  glycoside hydrolase family protein  38.17 
 
 
1049 aa  708  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.137937  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4102  Beta-galactosidase  42.72 
 
 
1108 aa  865  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.283499  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3903  Beta-galactosidase  34.12 
 
 
1063 aa  640  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.120366  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1917  beta-D-galactosidase  36.79 
 
 
1044 aa  641  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0408  beta-D-galactosidase  36.32 
 
 
1024 aa  640  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.44327e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0368  beta-D-galactosidase  36.32 
 
 
1024 aa  640  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.19694e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00298  beta-D-galactosidase  36.08 
 
 
1024 aa  638  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  2.6518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3118  glycoside hydrolase family protein  37.2 
 
 
1043 aa  701  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3262  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  36.08 
 
 
1024 aa  638  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  8.77394e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2038  Beta-galactosidase  36.43 
 
 
1046 aa  657  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2019  beta-D-galactosidase  36.67 
 
 
1035 aa  633  1e-180  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0466092  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3281  beta-D-galactosidase  35.99 
 
 
1024 aa  635  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  2.45928e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0417  beta-D-galactosidase  36.1 
 
 
1024 aa  629  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.41482e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2733  beta-D-galactosidase  36.31 
 
 
1036 aa  621  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000508239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4018  beta-galactosidase  34.04 
 
 
1059 aa  616  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  7.51059e-10 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1362  beta-D-galactosidase  35.59 
 
 
1043 aa  615  1e-174  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00215799  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3226  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  34.5 
 
 
1033 aa  615  1e-174  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.553706  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1261  beta-D-galactosidase  35.09 
 
 
1032 aa  612  1e-174  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000337049  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0580  glycoside hydrolase family protein  33.91 
 
 
1077 aa  613  1e-174  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2370  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.77 
 
 
1026 aa  612  1e-173  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0768675  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0928  beta-D-galactosidase  35.13 
 
 
1028 aa  609  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  6.20353e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0534  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.71 
 
 
1013 aa  606  1e-172  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0824  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  34.37 
 
 
1264 aa  609  1e-172  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  9.54733e-05  decreased coverage  0.00757756 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1011  Beta-galactosidase  33.98 
 
 
1019 aa  604  1e-171  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00111283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1739  beta-D-galactosidase  34.34 
 
 
1066 aa  602  1e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000361485  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2493  Beta-galactosidase  34.7 
 
 
1043 aa  603  1e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3269  Beta-galactosidase  33.09 
 
 
1076 aa  597  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00255337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2834  beta-D-galactosidase  34.32 
 
 
1050 aa  598  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.677484  normal  0.179493 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1768  beta-D-galactosidase  34.67 
 
 
1043 aa  597  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.035592  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1629  beta-D-galactosidase  34.25 
 
 
1066 aa  599  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.893337  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1973  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  33.3 
 
 
1030 aa  594  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75541  hitchhiker  0.00919107 
 
 
-
 
NC_002950  PG0665  beta-galactosidase  34.07 
 
 
1112 aa  592  1e-167  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3173  beta-D-galactosidase  34.26 
 
 
1029 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00462554  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2714  Beta-galactosidase  33.93 
 
 
1020 aa  586  1e-166  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.204643  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002658  beta-D-galactosidase alpha subunit  33.18 
 
 
1032 aa  583  1e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.454065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3370  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  33.11 
 
 
1030 aa  581  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4390  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  33.02 
 
 
1030 aa  580  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119488  Beta-galactosidase, putative  32.95 
 
 
1164 aa  577  1e-163  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.873023  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0625  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.92 
 
 
1030 aa  576  1e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0624  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  32.83 
 
 
1030 aa  576  1e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02895  hypothetical protein  33.02 
 
 
1030 aa  578  1e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02945  cryptic beta-D-galactosidase, alpha subunit  33.02 
 
 
1030 aa  578  1e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3258  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  33.21 
 
 
1030 aa  577  1e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0715  Beta-galactosidase  33.46 
 
 
1024 aa  577  1e-163  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2720  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.71 
 
 
1053 aa  578  1e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1013  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.53 
 
 
1033 aa  576  1e-163  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.188379  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3543  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  32.92 
 
 
1030 aa  576  1e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1807  Beta-galactosidase  34.41 
 
 
1035 aa  575  1e-162  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.489965  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0998  Beta-galactosidase  34.31 
 
 
1012 aa  566  1e-160  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00145387  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2469  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.21 
 
 
1036 aa  561  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362924  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02463  beta-galactosidase (Eurofung)  33.12 
 
 
1023 aa  556  1e-157  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.220978 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5411  beta-galactosidase  34.47 
 
 
1008 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111624  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1316  beta-D-galactosidase  33.92 
 
 
1036 aa  550  1e-155  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1218  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.24 
 
 
1041 aa  552  1e-155  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000962199  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1666  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.06 
 
 
1289 aa  545  1e-153  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1044  beta-D-galactosidase  33.74 
 
 
1031 aa  537  1e-151  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.230358  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0154  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.19 
 
 
1030 aa  524  1e-147  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0920  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.69 
 
 
1005 aa  518  1e-145  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0700596  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0896  beta-galactosidase  31.56 
 
 
1017 aa  505  1e-141  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4961  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.48 
 
 
1018 aa  499  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0195  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.95 
 
 
1329 aa  501  1e-140  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1366  beta-galactosidase  32.18 
 
 
1026 aa  497  1e-139  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3187  glycoside hydrolase family protein  29.89 
 
 
1022 aa  481  1e-134  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3466  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.21 
 
 
968 aa  481  1e-134  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.52907  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03201  beta-galactosidase (Eurofung)  30.95 
 
 
1030 aa  475  1e-132  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.112028 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4911  Beta-galactosidase  30.7 
 
 
1003 aa  471  1e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114803  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1433  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.66 
 
 
1003 aa  467  1e-130  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3379  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.72 
 
 
992 aa  457  1e-127  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3917  glycoside hydrolase family protein  31.41 
 
 
1020 aa  457  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0750  beta-galactosidase  29.14 
 
 
1009 aa  454  1e-126  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0186034  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0766  beta-galactosidase  29.66 
 
 
1012 aa  452  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.156765  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3719  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.07 
 
 
1004 aa  444  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0729  beta-galactosidase  31.03 
 
 
1023 aa  431  1e-119  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0768617  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14320  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  31.38 
 
 
992 aa  417  1e-115  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30036  Beta-galactosidase (Lactase)  29.05 
 
 
1021 aa  416  1e-114  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0855272  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3257  glycoside hydrolase family protein  29.02 
 
 
1017 aa  402  1e-110  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26640  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  30 
 
 
996 aa  383  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0288  glycoside hydrolase family protein  33.63 
 
 
628 aa  363  1e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  1.48878e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4634  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  36.19 
 
 
1424 aa  354  6e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.893507  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2025  glycoside hydrolase family protein  32.49 
 
 
640 aa  351  5e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00409776  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3909  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  35.51 
 
 
1600 aa  344  6e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_3832  predicted protein  36.41 
 
 
349 aa  235  3e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2782  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  26.62 
 
 
920 aa  199  2e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.396863  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1283  glycoside hydrolase family protein  23.81 
 
 
987 aa  197  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.64034  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3122  Beta-galactosidase  25.57 
 
 
972 aa  191  8e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4225  glycoside hydrolase family protein  24.21 
 
 
951 aa  176  3e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.812558  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2734  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  23.87 
 
 
920 aa  169  3e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2757  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  29.04 
 
 
805 aa  166  2e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.000135785  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3378  glycoside hydrolase family protein  24.42 
 
 
984 aa  142  4e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>