More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0818 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.9 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 277 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.27 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 331 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 513 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 348 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 188 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  33.57 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.43 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  37.36 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.56 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3956  putative regulatory protein  24.05 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0244269  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 276 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 338 aa  72.4  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 356 aa  72.4  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  25 
 
 		 306 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 180 aa  71.6  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 463 aa  70.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 154 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.98 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.98 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  34.74 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.26 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 401 aa  69.7  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  26.56 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 322 aa  68.9  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  22.13 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  34.38 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  22.13 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 278 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4139  ThiJ/PfpI domain protein  36.26 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  33.59 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  36.56 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  22.13 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 269 aa  67  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.9 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>