168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0801 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0801  L-fucose transporter  100 
 
 		 474 aa  962    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1447  L-fucose permease  53.14 
 
 		 430 aa  455  1.0000000000000001e-126  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300963  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1052  L-fucose permease  40.65 
 
 		 444 aa  327  2.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.682471  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1612  L-fucose transporter  42.52 
 
 		 434 aa  326  5e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0487027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0364  L-fucose permease  37.37 
 
 		 448 aa  299  9e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1833  L-fucose transporter  36.31 
 
 		 644 aa  290  5.0000000000000004e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03600  L-fucose: permease  41.02 
 
 		 442 aa  286  5.999999999999999e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01616  putative fucose permease  41.75 
 
 		 381 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000108257  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02756  L-fucose:H+ symporter permease  38.58 
 
 		 411 aa  263  4e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  36.3 
 
 		 457 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  33.91 
 
 		 438 aa  250  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  33.91 
 
 		 438 aa  250  4e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  33.91 
 
 		 438 aa  250  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  33.91 
 
 		 438 aa  250  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  36.61 
 
 		 457 aa  250  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  36.61 
 
 		 457 aa  250  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.642767 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  33.91 
 
 		 438 aa  249  5e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  35.55 
 
 		 457 aa  249  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1551  L-fucose transporter  36.28 
 
 		 434 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  33.7 
 
 		 438 aa  248  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  33.48 
 
 		 417 aa  246  6e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  32.53 
 
 		 432 aa  246  9e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  33.26 
 
 		 438 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  33.26 
 
 		 438 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  32.43 
 
 		 417 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  33.26 
 
 		 438 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  33.26 
 
 		 438 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  33.26 
 
 		 438 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  34.73 
 
 		 414 aa  239  5.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  33.41 
 
 		 412 aa  239  1e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4488  L-fucose permease  33.95 
 
 		 443 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.530054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  34.62 
 
 		 433 aa  236  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  33.63 
 
 		 417 aa  233  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  32.54 
 
 		 431 aa  229  8e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  31.74 
 
 		 431 aa  225  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  32.09 
 
 		 420 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  33.64 
 
 		 409 aa  223  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3368  L-fucose transporter  32.89 
 
 		 413 aa  218  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  32.37 
 
 		 417 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0750  fucose permease  32.37 
 
 		 424 aa  214  3.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000880356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  31.56 
 
 		 428 aa  200  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  29.07 
 
 		 424 aa  198  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1614  fucose permease  30.49 
 
 		 448 aa  198  2.0000000000000003e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139111  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0406  L-fucose transporter  31.34 
 
 		 451 aa  194  2e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00228439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4002  L-fucose:H+ symporter permease  30.96 
 
 		 438 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.225731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4073  L-fucose:H+ symporter permease  30.96 
 
 		 438 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4018  L-fucose:H+ symporter permease  30.96 
 
 		 438 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4181  L-fucose:H+ symporter permease  30.96 
 
 		 438 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4123  L-fucose:H+ symporter permease  30.96 
 
 		 438 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  30.1 
 
 		 440 aa  194  4e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  30.92 
 
 		 437 aa  189  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  29.5 
 
 		 436 aa  186  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  30.66 
 
 		 435 aa  184  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  29.93 
 
 		 412 aa  181  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1066  L-fucose:H+ symporter permease  31.75 
 
 		 399 aa  181  4e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0827702  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  28.51 
 
 		 424 aa  179  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  28.17 
 
 		 435 aa  177  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  28.29 
 
 		 423 aa  176  7e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1448  L-fucose permease  31.13 
 
 		 418 aa  176  7e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  28.51 
 
 		 423 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0536  L-fucose permease  31.37 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186143  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  27.65 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  27.65 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  27.65 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  27.65 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  27.65 
 
 		 423 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  28.57 
 
 		 415 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  29.84 
 
 		 431 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  32.11 
 
 		 427 aa  172  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  27.66 
 
 		 421 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  27.65 
 
 		 423 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  29.4 
 
 		 415 aa  172  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  28.76 
 
 		 415 aa  171  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  29.38 
 
 		 431 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000854879  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  27.96 
 
 		 431 aa  170  7e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  29.3 
 
 		 428 aa  169  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01060  conserved hypothetical protein  28.85 
 
 		 468 aa  168  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17660  fucose permease  28.74 
 
 		 425 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.634966  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  28.54 
 
 		 421 aa  167  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  30.02 
 
 		 426 aa  167  5e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  30.14 
 
 		 435 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  28.04 
 
 		 420 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  29.4 
 
 		 407 aa  164  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  29.71 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  30.05 
 
 		 426 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1420  major facilitator transporter  28.52 
 
 		 514 aa  162  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  27.09 
 
 		 410 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  29.18 
 
 		 429 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5334  glucose/galactose transporter  29.95 
 
 		 405 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120939  normal  0.764594 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3930  glucose/galactose transporter  28.44 
 
 		 436 aa  156  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.121013  normal  0.215751 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  31.09 
 
 		 413 aa  154  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  28.76 
 
 		 428 aa  153  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  29.03 
 
 		 425 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  30.02 
 
 		 389 aa  148  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3687  glucose/galactose transporter  27.45 
 
 		 413 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.04252 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1199  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  27.96 
 
 		 438 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.985389  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2311  glucose/galactose transporter  25.14 
 
 		 471 aa  144  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0619981  normal  0.0518008 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  29.75 
 
 		 412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  26.94 
 
 		 408 aa  140  6e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000442276  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2125  glucose/galactose transporter  28.6 
 
 		 468 aa  139  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.957571 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>