More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0732 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  100 
 
 
929 aa  1920  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  35.46 
 
 
907 aa  461  1e-128  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  1.58675e-10 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00298  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 
407 aa  117  9e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.014488  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  29.11 
 
 
634 aa  113  2e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  28.34 
 
 
726 aa  112  3e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.24 
 
 
730 aa  109  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.24 
 
 
730 aa  109  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 
706 aa  109  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 
1232 aa  109  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  26.83 
 
 
689 aa  108  5e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  27.75 
 
 
719 aa  108  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  27.08 
 
 
687 aa  108  6e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  28.7 
 
 
681 aa  106  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 
648 aa  106  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.7 
 
 
719 aa  106  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 
648 aa  106  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.7 
 
 
729 aa  106  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  26.61 
 
 
689 aa  103  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 
735 aa  103  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  29.79 
 
 
757 aa  102  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  28.92 
 
 
743 aa  103  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  25.99 
 
 
725 aa  102  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 
668 aa  102  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  26.21 
 
 
722 aa  102  5e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  23.39 
 
 
1088 aa  100  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  30.41 
 
 
769 aa  100  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 
620 aa  99.8  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  26.61 
 
 
685 aa  99.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 
686 aa  99.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 
789 aa  99  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  27.46 
 
 
757 aa  99.4  3e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 
754 aa  99.4  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
750 aa  99.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.45 
 
 
756 aa  99.4  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  29.43 
 
 
666 aa  99  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.61 
 
 
718 aa  98.6  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  26.19 
 
 
687 aa  98.6  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.57 
 
 
734 aa  97.8  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  26.49 
 
 
641 aa  98.2  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.15 
 
 
685 aa  97.8  8e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  26.73 
 
 
702 aa  97.4  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 
625 aa  97.1  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 
687 aa  97.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  24.03 
 
 
688 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  27.83 
 
 
712 aa  96.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 
714 aa  96.7  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  27.83 
 
 
677 aa  95.9  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.83 
 
 
677 aa  96.3  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.14 
 
 
1023 aa  96.3  3e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 
679 aa  95.9  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  5.50793e-08  unclonable  1.34855e-09 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  26.2 
 
 
727 aa  96.3  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 
720 aa  95.9  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 
462 aa  95.5  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.56586e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 
758 aa  95.5  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.22 
 
 
786 aa  95.1  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  25.34 
 
 
666 aa  94.7  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  28.08 
 
 
724 aa  94.7  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  6.07129e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  26.03 
 
 
708 aa  94.7  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.53 
 
 
814 aa  94.4  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 
659 aa  94.4  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 
1132 aa  93.6  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 
715 aa  94  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  24.6 
 
 
726 aa  93.6  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  25.49 
 
 
728 aa  94  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.83 
 
 
794 aa  92.8  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  25.14 
 
 
723 aa  93.2  2e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  5.46872e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  23.31 
 
 
702 aa  92.8  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  26.61 
 
 
708 aa  93.2  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  24.4 
 
 
702 aa  93.2  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  24.78 
 
 
668 aa  92.8  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
669 aa  92.4  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.82 
 
 
754 aa  92.4  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  26.6 
 
 
728 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  23.15 
 
 
508 aa  92.8  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  25.43 
 
 
710 aa  92.8  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 
659 aa  92.8  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.53 
 
 
795 aa  92.4  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  26.6 
 
 
728 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  24.62 
 
 
721 aa  92  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.92 
 
 
849 aa  92.4  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  23.66 
 
 
735 aa  92  4e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.53 
 
 
743 aa  92  4e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  28.61 
 
 
677 aa  91.7  5e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.58 
 
 
765 aa  92  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  27.88 
 
 
768 aa  91.7  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1693  UvrD/REP helicase  23.26 
 
 
683 aa  91.7  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.508868  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  24.62 
 
 
721 aa  91.7  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 
741 aa  92  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  27.67 
 
 
677 aa  91.7  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.75 
 
 
787 aa  91.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  26.24 
 
 
790 aa  91.7  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  23.87 
 
 
746 aa  91.7  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1357  UvrD/REP helicase  25.17 
 
 
526 aa  91.7  7e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.981315  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  27.85 
 
 
739 aa  91.3  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  28.66 
 
 
743 aa  91.3  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.16 
 
 
817 aa  91.3  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 
708 aa  91.3  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0990  UvrD/REP helicase  27.86 
 
 
674 aa  90.9  9e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.771752  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 
787 aa  91.3  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 
689 aa  90.9  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>