27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0726 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0726  Type II site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
358 aa  741    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000123282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1486  hypothetical protein  33.76 
 
 
420 aa  87.8  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.69852  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2577  hypothetical protein  35.06 
 
 
383 aa  87  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2679  hypothetical protein  32.3 
 
 
420 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.794848 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1009  hypothetical protein  31.33 
 
 
430 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.780626  normal  0.165518 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4564  hypothetical protein  31.65 
 
 
420 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0135  hypothetical protein  31.21 
 
 
430 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4827  hypothetical protein  29.87 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.202847  normal  0.0862783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4599  hypothetical protein  30.52 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79809  normal  0.613428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2541  hypothetical protein  28.67 
 
 
430 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0181708  normal  0.226498 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3271  hypothetical protein  31.17 
 
 
419 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.146801  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2715  hypothetical protein  31.79 
 
 
478 aa  70.9  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2432  hypothetical protein  29.71 
 
 
425 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323956  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1724  hypothetical protein  28.39 
 
 
421 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304081  normal  0.948453 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1835  hypothetical protein  28.1 
 
 
440 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217821  hitchhiker  0.00106364 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5341  hypothetical protein  28.39 
 
 
421 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6120  type II site-specific deoxyribonuclease (type II restriction enzyme) involved in resistance to copper (Cu(I)/Cu(II))  28.24 
 
 
421 aa  66.6  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.397571  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0742  hypothetical protein  31.28 
 
 
407 aa  64.3  0.000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.138801  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1708  hypothetical protein  31.16 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0330494  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5105  hypothetical protein  26.32 
 
 
421 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753919 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2312  hypothetical protein  30.72 
 
 
426 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.951883 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6905  hypothetical protein  25.56 
 
 
418 aa  59.7  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10031  normal  0.668757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4209  hypothetical protein  29.66 
 
 
424 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6658  hypothetical protein  23.95 
 
 
416 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.613149  normal  0.601016 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3239  hypothetical protein  26.26 
 
 
363 aa  53.1  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.0081017  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3075  hypothetical protein  25.29 
 
 
414 aa  52.8  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.879763  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4140  hypothetical protein  24.44 
 
 
411 aa  46.6  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.813287  normal  0.597426 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>