More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0604 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0604  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
641 aa  1304    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.471742  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4404  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.24 
 
 
638 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0156105 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0080  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.98 
 
 
636 aa  482  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0099  chemotaxis sensory transducer  42.18 
 
 
639 aa  481  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0085  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.1 
 
 
638 aa  479  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0647334  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3750  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.98 
 
 
638 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666265  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4454  methyl-accepting chemotaxis protein  42.45 
 
 
642 aa  478  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0271  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.67 
 
 
638 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.758035  hitchhiker  0.0000678809 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0272  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.82 
 
 
638 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00090491  hitchhiker  0.000000349734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0275  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.65 
 
 
638 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0283  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.65 
 
 
638 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.411591  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0282  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.65 
 
 
641 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0149105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0279  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.65 
 
 
638 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.983838  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0387  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.45 
 
 
638 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.408395  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.61 
 
 
638 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884167  hitchhiker  0.000462611 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3522  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.98 
 
 
636 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00464  methyl-accepting chemotaxis protein  38.65 
 
 
636 aa  428  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1102  methyl-accepting chemotaxis protein  38.6 
 
 
638 aa  411  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001273  methyl-accepting chemotaxis protein  37.95 
 
 
638 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05150  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  37.19 
 
 
650 aa  376  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1439  methyl-accepting chemotaxis protein  28.9 
 
 
641 aa  280  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336763  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3856  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.58 
 
 
640 aa  280  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.825575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4887  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.61 
 
 
645 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.658451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0596  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.11 
 
 
640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.270432 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.42 
 
 
645 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675969  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0320  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.52 
 
 
645 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000409011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0342  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.36 
 
 
645 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860801  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0450  chemotaxis sensory transducer  28.93 
 
 
645 aa  261  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0734  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.21 
 
 
643 aa  254  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.770301  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1067  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.3 
 
 
634 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.318926  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.48 
 
 
620 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3736  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.48 
 
 
620 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.455432  normal  0.0212994 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3785  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.11 
 
 
620 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0060774  normal  0.0147123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0552  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.84 
 
 
648 aa  219  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.283806  decreased coverage  0.00439756 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2357  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.5 
 
 
620 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.23 
 
 
620 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.407039  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4997  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.53 
 
 
620 aa  201  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.245568 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2239  chemotaxis sensory transducer  26.85 
 
 
648 aa  198  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.35 
 
 
620 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0344374  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3723  HAMP domain-containing protein  25.74 
 
 
628 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21159  normal  0.539738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4874  chemotactic transducer PctC  26.26 
 
 
632 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.153332  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55960  chemotactic transducer PctC  26.08 
 
 
632 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.289325  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  32.66 
 
 
712 aa  193  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.19 
 
 
638 aa  192  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  32.41 
 
 
712 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.1 
 
 
544 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2861  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.1 
 
 
544 aa  188  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.445183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.77 
 
 
548 aa  187  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2920  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.5 
 
 
544 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.96 
 
 
716 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1586  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.9 
 
 
626 aa  183  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1007  hemolysin secretion protein HylB  37.7 
 
 
548 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.702356  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4877  chemotactic transducer PctB  28.02 
 
 
629 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164155  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0657  chemotaxis sensory transducer, Cache sensor  28.57 
 
 
648 aa  182  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.511779  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  31.02 
 
 
713 aa  182  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1983  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.82 
 
 
548 aa  182  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000213036  normal  0.437149 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2757  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.2 
 
 
544 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3309  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.22 
 
 
625 aa  181  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2480  methyl-accepting chemotaxis protein  25.79 
 
 
629 aa  181  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06314  histidine kinase  28.55 
 
 
623 aa  180  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0425  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  27.52 
 
 
630 aa  180  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461628  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3534  histidine kinase, HAMP region:Cache: chemotaxis sensory transducer  28.33 
 
 
629 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.667463  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0354  chemotaxis sensory transducer, Cache sensor  28.74 
 
 
630 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.6 
 
 
637 aa  179  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56010  chemotactic transducer PctB  27.49 
 
 
629 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.99 
 
 
637 aa  177  4e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0130  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.93 
 
 
671 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1228  methyl-accepting chemotaxis transducer  29.86 
 
 
688 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.739741 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1029  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.77 
 
 
411 aa  177  6e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2220  histidine kinase, HAMP region:Cache: chemotaxis sensory transducer  28.48 
 
 
646 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.071358  normal  0.520396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2601  chemotaxis sensory transducer  34.95 
 
 
569 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.441915  normal  0.36116 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3864  methyl-accepting chemotaxis protein  32.81 
 
 
568 aa  175  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2327  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.52 
 
 
554 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.644098  normal  0.637343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.51 
 
 
714 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0584  methyl-accepting chemotaxis transducer  29.18 
 
 
647 aa  174  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.77697  normal  0.644217 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2448  methyl-accepting chemotaxis protein  28.79 
 
 
646 aa  174  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.718596  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2246  histidine kinase, HAMP region:Cache: chemotaxis sensory transducer  25.04 
 
 
629 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265681  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2212  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.93 
 
 
549 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0623  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.96 
 
 
647 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.494937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1257  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.22 
 
 
688 aa  173  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.124474  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3557  methyl-accepting chemotaxis transducer  33.73 
 
 
714 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.386044  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4431  chemotaxis sensory transducer, Cache sensor  26.81 
 
 
629 aa  172  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.78 
 
 
714 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56000  chemotactic transducer PctA  28.6 
 
 
629 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0512673  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.35 
 
 
648 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0108713 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.99 
 
 
634 aa  172  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0265  methyl-accepting chemotaxis protein  35.82 
 
 
561 aa  171  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1023  methyl-accepting chemotaxis protein  31.02 
 
 
578 aa  171  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.07 
 
 
545 aa  171  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4190  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.12 
 
 
688 aa  171  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.251316  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1030  methyl-accepting chemotaxis protein  29.84 
 
 
549 aa  171  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1061  methyl-accepting chemotaxis protein  28.38 
 
 
626 aa  171  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.646209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01731  Methyl-accepting chemotaxis protein  30.85 
 
 
539 aa  171  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4876  chemotactic transducer PctA  27.92 
 
 
629 aa  170  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.647167  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0906  histidine kinase, HAMP region:Cache: chemotaxis sensory transducer  28.6 
 
 
626 aa  170  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0331  methyl-accepting chemotaxis protein  33.93 
 
 
578 aa  170  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.96 
 
 
688 aa  170  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2240  methyl-accepting chemotaxis protein  29.75 
 
 
545 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.03 
 
 
634 aa  169  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0124  chemotaxis sensory transducer, Cache sensor  28.48 
 
 
626 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.201174  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>