More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0574 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  100 
 
 		 279 aa  583  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  50.55 
 
 		 297 aa  280  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  47.87 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  49.45 
 
 		 275 aa  265  8e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  48.71 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  49.45 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  48.34 
 
 		 300 aa  262  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  49.09 
 
 		 301 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  49.45 
 
 		 302 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  49.09 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  49.09 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  48 
 
 		 275 aa  258  8e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  46.98 
 
 		 306 aa  255  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  47.86 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  46.86 
 
 		 298 aa  246  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  41.99 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  42.96 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  42.31 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  40.83 
 
 		 330 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  39.34 
 
 		 322 aa  199  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  38.1 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  35.74 
 
 		 312 aa  186  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  37.55 
 
 		 306 aa  185  6e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  33.59 
 
 		 349 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  33.2 
 
 		 349 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  35.87 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  31.13 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  31.01 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  30.11 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  30.83 
 
 		 353 aa  133  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  29.86 
 
 		 343 aa  123  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  28.74 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  28.91 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  30.56 
 
 		 348 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  32.63 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  27.37 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.34 
 
 		 341 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  31.72 
 
 		 380 aa  112  5e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 		 336 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  30.3 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  27.94 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.21 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  29.21 
 
 		 370 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  27.31 
 
 		 345 aa  109  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.36 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.37 
 
 		 363 aa  109  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  28.74 
 
 		 381 aa  109  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  29.13 
 
 		 337 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 344 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  26.48 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  28.33 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  34.36 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.6 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  25.1 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  30.25 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  30.08 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  29.8 
 
 		 341 aa  102  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  27.83 
 
 		 371 aa  100  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  31.3 
 
 		 348 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  27.01 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  27.53 
 
 		 330 aa  99.4  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  31.54 
 
 		 343 aa  99  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.2 
 
 		 343 aa  99  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  26.54 
 
 		 366 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  28.28 
 
 		 326 aa  97.4  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  26.96 
 
 		 321 aa  96.7  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.71 
 
 		 337 aa  96.3  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.17 
 
 		 343 aa  96.3  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  27.05 
 
 		 344 aa  95.5  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  28.25 
 
 		 338 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.37 
 
 		 350 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  29.74 
 
 		 336 aa  94.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  28.63 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  30.89 
 
 		 346 aa  94  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  27.86 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  26.69 
 
 		 328 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  27.34 
 
 		 337 aa  93.6  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  29.41 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  31.18 
 
 		 350 aa  92.8  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  26.84 
 
 		 315 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  28.51 
 
 		 332 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  32 
 
 		 344 aa  92  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.54 
 
 		 347 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  24.91 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  24.91 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  27 
 
 		 338 aa  90.5  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  24.91 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  29.91 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  24.91 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  29.32 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  27.85 
 
 		 323 aa  90.1  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  25.19 
 
 		 338 aa  90.1  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  29.59 
 
 		 323 aa  89.7  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  25.2 
 
 		 342 aa  89.4  7e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  24.38 
 
 		 337 aa  89.4  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  27.68 
 
 		 325 aa  89  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.09 
 
 		 332 aa  88.6  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  25.09 
 
 		 374 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>