More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0514 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  78.45 
 
 
399 aa  661  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  78.95 
 
 
399 aa  644  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
399 aa  817  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  74.62 
 
 
398 aa  628  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  75.19 
 
 
399 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  72.86 
 
 
408 aa  612  1e-174  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  3.96777e-07  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  73.12 
 
 
398 aa  613  1e-174  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  73.12 
 
 
398 aa  613  1e-174  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  72.36 
 
 
398 aa  609  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  72.61 
 
 
398 aa  608  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  72.36 
 
 
398 aa  602  1e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  71.86 
 
 
397 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  72.61 
 
 
398 aa  598  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  71.36 
 
 
397 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  71.36 
 
 
397 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  72.11 
 
 
398 aa  594  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  74.12 
 
 
395 aa  595  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  71.36 
 
 
397 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  71.61 
 
 
397 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  71.86 
 
 
398 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  73.12 
 
 
395 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  3.4927e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  70.18 
 
 
398 aa  585  1e-166  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.01397e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  71.86 
 
 
395 aa  576  1e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.248e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  65.66 
 
 
399 aa  558  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  66.33 
 
 
395 aa  551  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  66.92 
 
 
399 aa  548  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  7.25763e-06  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  65.72 
 
 
400 aa  547  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  2.33958e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  65.48 
 
 
396 aa  546  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.35795e-07  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  65.39 
 
 
401 aa  535  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  65.14 
 
 
401 aa  536  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  62.12 
 
 
399 aa  529  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  5.83253e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  61.27 
 
 
397 aa  525  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  5.0083e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 
399 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.53604e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  62.81 
 
 
407 aa  526  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  2.80403e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  63.94 
 
 
401 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  3.45962e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  62.81 
 
 
399 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  8.88942e-10 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  62.66 
 
 
399 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  62.31 
 
 
399 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  1.21242e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  63.71 
 
 
402 aa  514  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  1.57826e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  61.31 
 
 
399 aa  508  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  1.7019e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  62.47 
 
 
403 aa  511  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  61.9 
 
 
399 aa  508  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  2.40526e-09  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  62.6 
 
 
401 aa  507  1e-142  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  60.8 
 
 
403 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  60.05 
 
 
398 aa  502  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  5.7737e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  62.06 
 
 
399 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  1.41551e-10  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  62.06 
 
 
399 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  1.69724e-10  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  62.06 
 
 
399 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  62.28 
 
 
408 aa  500  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.40569e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  60.3 
 
 
403 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 
413 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 
435 aa  494  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 
413 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 
413 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  61.31 
 
 
399 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  1.95797e-06  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 
413 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  61.4 
 
 
413 aa  492  1e-138  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  60.2 
 
 
413 aa  493  1e-138  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
403 aa  493  1e-138  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  61.46 
 
 
404 aa  491  1e-138  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  64.78 
 
 
403 aa  491  1e-138  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  61.15 
 
 
413 aa  491  1e-138  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  61.4 
 
 
413 aa  493  1e-138  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  61.65 
 
 
413 aa  491  1e-138  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  61.15 
 
 
454 aa  493  1e-138  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  61.15 
 
 
413 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  60.25 
 
 
400 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  2.50226e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  60.9 
 
 
413 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  60.55 
 
 
410 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  60.65 
 
 
413 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  61.48 
 
 
432 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  58.79 
 
 
399 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  2.1558e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  60.9 
 
 
413 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  60.65 
 
 
413 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  60.97 
 
 
413 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
403 aa  486  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  59.9 
 
 
416 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  4.81251e-05 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  61.17 
 
 
403 aa  484  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.74252e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  59.15 
 
 
405 aa  484  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  8.03186e-05  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  60.15 
 
 
416 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  59.15 
 
 
407 aa  484  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  59.44 
 
 
392 aa  481  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 
400 aa  478  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  2.81136e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  60.21 
 
 
395 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  58.72 
 
 
421 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 
410 aa  477  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  62.9 
 
 
403 aa  471  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.28541e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02940  tyrosyl-tRNA synthetase  60.5 
 
 
403 aa  473  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131327  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  58.21 
 
 
421 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  59.9 
 
 
398 aa  473  1e-132  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0125  tyrosyl-tRNA synthetase  58.5 
 
 
418 aa  470  1e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  2.2394e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  58.21 
 
 
410 aa  469  1e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  57.64 
 
 
398 aa  470  1e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0300  tyrosyl-tRNA synthetase  61 
 
 
403 aa  471  1e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139945  normal  0.0172609 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0142  tyrosyl-tRNA synthetase  58 
 
 
418 aa  465  1e-130  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  3.66869e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  58.29 
 
 
424 aa  462  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  57.75 
 
 
399 aa  464  1e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  57.29 
 
 
413 aa  458  1e-128  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  9.41896e-11  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  57.11 
 
 
414 aa  458  1e-128  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4106  tyrosyl-tRNA synthetase  57.61 
 
 
414 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.11265  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>