70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0450 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0450  hypothetical protein  100 
 
 
56 aa  105  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0952  hypothetical protein  56 
 
 
53 aa  64.3  5e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.15986e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1909  hypothetical protein  57.14 
 
 
52 aa  63.5  8e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0986312 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6707  protein of unknown function UPF0057  54.9 
 
 
52 aa  63.2  1e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570236  normal  0.473948 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0810  hypothetical protein  53.06 
 
 
52 aa  62  2e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3187  hypothetical protein  53.06 
 
 
52 aa  62.4  2e-09  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00459993  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0694  hypothetical protein  56.25 
 
 
52 aa  61.6  4e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1445  hypothetical protein  58.33 
 
 
52 aa  61.6  4e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.344873  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3802  hypothetical protein  53.06 
 
 
52 aa  60.8  6e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1940  protein of unknown function UPF0057  51.02 
 
 
52 aa  60.5  8e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2519  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  59.7  1e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0701281  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1753  Pmp3 family protein  53.06 
 
 
52 aa  58.9  2e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  8.04754e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1072  hypothetical protein  43.64 
 
 
57 aa  59.3  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0505681  hitchhiker  8.34558e-05 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3465  hypothetical protein  49.02 
 
 
52 aa  59.3  2e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3915  hypothetical protein  48 
 
 
55 aa  59.3  2e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.932934 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5980  stress induced protein  49.02 
 
 
52 aa  58.5  3e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1824  hypothetical protein  53.06 
 
 
56 aa  58.5  3e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.248733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4676  hypothetical protein  46.15 
 
 
53 aa  57  7e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  7.47615e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1757  protein of unknown function UPF0057  51.02 
 
 
52 aa  57.4  7e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.575281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0507  hypothetical protein  46.15 
 
 
53 aa  57  7e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0373  hypothetical protein  53.06 
 
 
52 aa  57  8e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.485112  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0403  hypothetical protein  53.06 
 
 
52 aa  57  8e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5163  hypothetical protein  53.06 
 
 
52 aa  57  9e-08  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4140  hypothetical protein  62.5 
 
 
52 aa  55.8  2e-07  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.520127  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1257  hypothetical protein  67.57 
 
 
52 aa  55.1  3e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3317  protein of unknown function UPF0057  52 
 
 
58 aa  54.3  6e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2651  hypothetical protein  57.5 
 
 
66 aa  54.3  6e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3712  protein of unknown function UPF0057  57.5 
 
 
53 aa  53.5  9e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3215  protein of unknown function UPF0057  46.15 
 
 
54 aa  53.5  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2905  protein of unknown function UPF0057  46.15 
 
 
54 aa  53.5  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04740  hypothetical protein  60 
 
 
52 aa  52.8  2e-06  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4829  hypothetical protein  56.1 
 
 
52 aa  51.6  3e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.658257  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0361  protein of unknown function UPF0057  50 
 
 
58 aa  52  3e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.869004  normal  0.794905 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0887  hypothetical protein  47.06 
 
 
55 aa  52  3e-06  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.141786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07370  hypothetical protein  57.5 
 
 
52 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400909  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4039  hypothetical protein  57.5 
 
 
74 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.255953  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0670  hypothetical protein  57.5 
 
 
52 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.741123  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0399  hypothetical protein  56.1 
 
 
52 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.350701  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001339  plasma membrane protein involved in salt tolerance  45.65 
 
 
54 aa  50.8  6e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.9667  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1858  hypothetical protein  44.9 
 
 
57 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3147  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  48.9  2e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.86244e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2734  hypothetical protein  47.92 
 
 
52 aa  49.3  2e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000636371 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2976  hypothetical protein  47.92 
 
 
52 aa  47.8  4e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.318311  normal  0.0724443 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2941  hypothetical protein  47.92 
 
 
52 aa  47.8  4e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0778428 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2993  hypothetical protein  47.92 
 
 
52 aa  47.8  4e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.761732  normal  0.0250059 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3098  hypothetical protein  47.92 
 
 
52 aa  47.8  4e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.532788  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2909  hypothetical protein  47.92 
 
 
52 aa  47.8  4e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05228  hypothetical protein  48.72 
 
 
54 aa  48.1  4e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02486  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02522  predicted membrane protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3908  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.363662 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1017  protein of unknown function UPF0057  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2801  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2786  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.313284 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1040  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3215  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2946  hypothetical protein  45.83 
 
 
52 aa  47.4  6e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1531  hypothetical protein  53.66 
 
 
58 aa  46.6  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.647152 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4529  protein of unknown function UPF0057  48.65 
 
 
52 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3436  protein of unknown function UPF0057  40 
 
 
54 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668514  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2324  hypothetical protein  44.68 
 
 
70 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.653065  normal  0.0692425 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_31254  predicted protein  39.58 
 
 
52 aa  44.3  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3240  hypothetical protein  40 
 
 
54 aa  43.5  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.696832  normal  0.0916248 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02312  stress response RCI peptide, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G10590)  44.68 
 
 
157 aa  42.7  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000114001  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3564  protein of unknown function UPF0057  40 
 
 
54 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.295411  normal  0.13478 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_36994  predicted protein  36.36 
 
 
81 aa  42.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.384013  normal  0.185346 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01010  cation transport-related protein, putative  51.06 
 
 
57 aa  41.6  0.003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.249867  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1812  salt-stress induced hydrophobic peptide  38.24 
 
 
68 aa  41.6  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0094  hypothetical protein  42.5 
 
 
55 aa  40.8  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0309  hypothetical protein  60 
 
 
52 aa  40.8  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>