More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0420 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0420  thioredoxin  100 
 
 		 142 aa  296  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2236  thioredoxin  57.45 
 
 		 144 aa  197  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.773662  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2304  thioredoxin  50 
 
 		 145 aa  150  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.258464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0618  thioredoxin  51.11 
 
 		 146 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1161  thioredoxin  47.18 
 
 		 146 aa  149  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.403386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2099  thioredoxin  47.14 
 
 		 140 aa  148  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2977  thioredoxin  51.85 
 
 		 146 aa  147  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000101834  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3416  thioredoxin  48.91 
 
 		 146 aa  147  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2347  thioredoxin  50 
 
 		 147 aa  146  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0135047  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0520  thioredoxin  47.06 
 
 		 145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.609436  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0651  thioredoxin  46.32 
 
 		 145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0504  thioredoxin  46.32 
 
 		 145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235096 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1524  thioredoxin  48.55 
 
 		 148 aa  144  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0928  thioredoxin  47.06 
 
 		 147 aa  142  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0053  thioredoxin  47.41 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000803765  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0102  thioredoxin  45.71 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7798  thioredoxin  44.12 
 
 		 146 aa  140  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3283  thioredoxin  44.29 
 
 		 147 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2362  thioredoxin  45.19 
 
 		 144 aa  140  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1995  thioredoxin  45.19 
 
 		 144 aa  140  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0867  thioredoxin  46.32 
 
 		 140 aa  139  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3573  thioredoxin  47.06 
 
 		 140 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4029  thioredoxin  45.59 
 
 		 170 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3906  thioredoxin  45.59 
 
 		 170 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0335  thioredoxin  44.85 
 
 		 140 aa  138  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0428  thioredoxin  45.59 
 
 		 170 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0456  thioredoxin  46.32 
 
 		 140 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2401  thioredoxin  47.06 
 
 		 142 aa  137  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.85345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0054  thioredoxin, putative  47.06 
 
 		 142 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1582  thioredoxin  45.59 
 
 		 145 aa  136  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.137556  normal  0.0376163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0452  thioredoxin 2  46.32 
 
 		 140 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0452  thioredoxin  46.32 
 
 		 140 aa  136  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.531645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4107  thioredoxin  45.39 
 
 		 141 aa  135  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4209  thioredoxin  44.44 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.558513 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1789  thioredoxin  45.52 
 
 		 144 aa  134  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3833  thioredoxin  44.85 
 
 		 170 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3369  thioredoxin  42.65 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2066  thioredoxin  44.78 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0918718  normal  0.219337 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2134  thioredoxin  43.38 
 
 		 139 aa  131  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0405  thioredoxin  38.24 
 
 		 146 aa  130  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05698  thioredoxin 2  44.2 
 
 		 162 aa  130  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1254  thioredoxin  41.43 
 
 		 144 aa  130  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1332  thioredoxin  43.38 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.636016  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3723  thioredoxin  40 
 
 		 146 aa  130  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.122043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0738  thioredoxin 2  40.58 
 
 		 140 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3392  thioredoxin  42.34 
 
 		 178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2231  thioredoxin  44.03 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2259  thioredoxin  41.79 
 
 		 148 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000083  thioredoxin 2  42.03 
 
 		 144 aa  127  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.396729  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1123  thioredoxin  42.34 
 
 		 145 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02476  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1086  thioredoxin  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0403998  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2977  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0978039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1095  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0753217  normal  0.13577 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2869  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.162737  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2735  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0139217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02440  hypothetical protein  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.934703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3819  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00147303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2861  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.350907  normal  0.503198 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2954  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0189312  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4481  thioredoxin  44.36 
 
 		 140 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2843  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2759  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00143779  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2739  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.025352  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2865  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0216262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0377  thioredoxin  38.24 
 
 		 145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655114  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4857  thioredoxin  42.34 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0651815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0556  thioredoxin  42.75 
 
 		 144 aa  124  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000127919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3742  thioredoxin  46.38 
 
 		 147 aa  124  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3451  thioredoxin  42.96 
 
 		 147 aa  124  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.560369  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2633  thioredoxin 2  39.13 
 
 		 144 aa  124  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0747279  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0443  thioredoxin-like  42.65 
 
 		 144 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.478708  normal  0.838572 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0887  thioredoxin 2  39.44 
 
 		 141 aa  122  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00834128  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0690  thioredoxin 2  40.58 
 
 		 144 aa  121  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.555698  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0448  thioredoxin  38.81 
 
 		 145 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.925505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5119  thioredoxin  39.71 
 
 		 144 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.402757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3746  thioredoxin 2  40 
 
 		 139 aa  120  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426418  normal  0.35545 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3067  thioredoxin 2  35.71 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110629 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3463  thioredoxin 2  37.32 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.305081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3341  thioredoxin 2  37.32 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.142551  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0854  thioredoxin 2  38.73 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3491  thioredoxin 2  37.86 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3335  thioredoxin 2  38.57 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1389  thioredoxin domain-containing protein  40.48 
 
 		 148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.276518  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45140  thioredoxin 2, TxrC  39.86 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3204  thioredoxin 2  37.32 
 
 		 145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5069  thioredoxin  38.97 
 
 		 144 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0397  thioredoxin  38.24 
 
 		 144 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4942  thioredoxin  38.97 
 
 		 144 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2375  thioredoxin-related  42.14 
 
 		 143 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3727  Thioredoxin domain  34.59 
 
 		 156 aa  115  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0306  thioredoxin  41.3 
 
 		 143 aa  114  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00417001  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3596  thioredoxin  38.24 
 
 		 150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.854397  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3508  thioredoxin  38.24 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3665  thioredoxin  37.5 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2478  thioredoxin domain-containing protein  36.43 
 
 		 153 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1845  thioredoxin 2  37.68 
 
 		 144 aa  106  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.227505  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0456  thioredoxin  34.04 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  47.37 
 
 		 107 aa  99.4  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  41.58 
 
 		 107 aa  98.6  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>