36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0393 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 		 373 aa  762    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  44.6 
 
 		 403 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  41.99 
 
 		 382 aa  293  3e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  42.38 
 
 		 386 aa  291  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  40.78 
 
 		 381 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  39.78 
 
 		 380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  38.32 
 
 		 409 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  37.99 
 
 		 390 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  35.96 
 
 		 401 aa  239  5.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  39.4 
 
 		 388 aa  235  8e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  36.68 
 
 		 408 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  35.92 
 
 		 435 aa  232  9e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  38.86 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  38.86 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  38.86 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  34.85 
 
 		 399 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  38.86 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  38.86 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  36.22 
 
 		 406 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  34.18 
 
 		 419 aa  230  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  38.86 
 
 		 388 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  38.32 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  38.32 
 
 		 388 aa  230  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  32.8 
 
 		 401 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  32.64 
 
 		 401 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  32.38 
 
 		 401 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  32.97 
 
 		 384 aa  203  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 		 404 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  32.31 
 
 		 439 aa  193  4e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  33.87 
 
 		 430 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  29.63 
 
 		 410 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  30.56 
 
 		 409 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  33.02 
 
 		 403 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  29.58 
 
 		 429 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  30.18 
 
 		 429 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  24.58 
 
 		 424 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>