More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0334 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  53.03 
 
 		 798 aa  822    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 815 aa  1653    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 866 aa  237  5.0000000000000005e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 835 aa  224  4e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 882 aa  176  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 786 aa  169  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 812 aa  162  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 798 aa  159  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 798 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  25.26 
 
 		 831 aa  156  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 798 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 798 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 798 aa  156  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 798 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  25.06 
 
 		 798 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  24.89 
 
 		 959 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 798 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 814 aa  151  5e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 793 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 761 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 923 aa  136  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 836 aa  132  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 757 aa  127  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  23.97 
 
 		 864 aa  123  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 879 aa  120  9e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  30.19 
 
 		 756 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 753 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 838 aa  109  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 870 aa  107  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 875 aa  107  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 754 aa  98.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  27.65 
 
 		 680 aa  78.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  31.28 
 
 		 710 aa  77  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  29.36 
 
 		 653 aa  75.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  22.51 
 
 		 745 aa  75.1  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  22.51 
 
 		 747 aa  74.7  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  22.51 
 
 		 747 aa  74.7  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  22.35 
 
 		 778 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  22.38 
 
 		 747 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3841  TonB-dependent siderophore receptor  21.92 
 
 		 712 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000249714  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 713 aa  72.4  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  30.13 
 
 		 634 aa  72  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.83 
 
 		 656 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 852 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 861 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  30.94 
 
 		 703 aa  69.7  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 861 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 		 714 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  20.9 
 
 		 729 aa  69.7  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 861 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 750 aa  68.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 726 aa  68.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 661 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 861 aa  68.6  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 861 aa  68.6  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.41 
 
 		 613 aa  68.6  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 861 aa  68.2  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 698 aa  67.8  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  25.73 
 
 		 666 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  23.05 
 
 		 740 aa  67  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  27.96 
 
 		 659 aa  67  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  30.14 
 
 		 665 aa  67.4  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 849 aa  67  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  28.57 
 
 		 652 aa  67.4  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  27.96 
 
 		 663 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  27.96 
 
 		 663 aa  67  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  27.96 
 
 		 663 aa  67  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  25.73 
 
 		 666 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  23.32 
 
 		 714 aa  66.6  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  25.73 
 
 		 666 aa  67  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2289  TonB-dependent receptor plug  30.99 
 
 		 719 aa  66.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.652188 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  27.96 
 
 		 663 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 754 aa  66.6  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  27.96 
 
 		 663 aa  67  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  25.73 
 
 		 666 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 855 aa  66.6  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  27.96 
 
 		 663 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  21.76 
 
 		 806 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 925 aa  65.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  25.45 
 
 		 751 aa  65.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  28.96 
 
 		 922 aa  65.9  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  29.89 
 
 		 789 aa  65.1  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  21.69 
 
 		 747 aa  65.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  28.75 
 
 		 770 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  28.75 
 
 		 710 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 847 aa  65.1  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  26 
 
 		 743 aa  65.1  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  22.09 
 
 		 831 aa  64.7  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 907 aa  64.7  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  22.25 
 
 		 747 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  22.25 
 
 		 747 aa  64.3  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  34.93 
 
 		 711 aa  64.3  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 857 aa  64.3  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1977  sulfate/thiosulfate import ATP-binding protein CysA 2 (Sulfate-transporting ATPase 2)  26.67 
 
 		 326 aa  63.5  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  22.75 
 
 		 808 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3813  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 991 aa  63.5  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.722498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 946 aa  64.3  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  21.82 
 
 		 747 aa  64.3  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  30.34 
 
 		 618 aa  63.5  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  31.18 
 
 		 713 aa  63.9  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>