More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0314 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  668    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  36.92 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  37.15 
 
 		 331 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  36.31 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  35.6 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 329 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  35.6 
 
 		 332 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 336 aa  178  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 348 aa  175  9e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 344 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  32 
 
 		 330 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  29.47 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 328 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 326 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 361 aa  159  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.55 
 
 		 327 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.25 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  28.01 
 
 		 347 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  27.71 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  27.71 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0475  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625315  normal  0.0311111 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.06 
 
 		 325 aa  146  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 340 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 331 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 326 aa  142  9e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  30.5 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.53 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 324 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 341 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.21 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.94 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.04 
 
 		 326 aa  136  4e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  26.65 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.78 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  27.02 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 330 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 312 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 330 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  27.7 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1036  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  26.43 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.91 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 324 aa  123  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  28.74 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 342 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  27.99 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  28.18 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>