More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0291 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 		 423 aa  884    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.02 
 
 		 404 aa  521  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.28 
 
 		 404 aa  521  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.78 
 
 		 404 aa  520  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  59.75 
 
 		 402 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  59.75 
 
 		 402 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  59.75 
 
 		 402 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.28 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  56.3 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.3 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  58.62 
 
 		 403 aa  514  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.87 
 
 		 403 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.3 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.79 
 
 		 404 aa  514  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  56.3 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  56.3 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  56.3 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.79 
 
 		 404 aa  514  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  57.28 
 
 		 404 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  59.26 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  56.05 
 
 		 404 aa  510  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.26 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  57.28 
 
 		 404 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  58.09 
 
 		 402 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  57.28 
 
 		 404 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  57.04 
 
 		 404 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  59.51 
 
 		 402 aa  509  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  59.26 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  59.26 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  59.26 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  56.3 
 
 		 404 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.77 
 
 		 402 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.77 
 
 		 402 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  57.04 
 
 		 404 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.77 
 
 		 403 aa  501  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.28 
 
 		 403 aa  501  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  58.02 
 
 		 403 aa  500  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  56.3 
 
 		 402 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  57.28 
 
 		 402 aa  498  1e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  57.28 
 
 		 402 aa  498  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.04 
 
 		 402 aa  494  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.16 
 
 		 431 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.67 
 
 		 403 aa  492  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.77 
 
 		 402 aa  486  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  54.7 
 
 		 419 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.69 
 
 		 403 aa  462  1e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.82 
 
 		 409 aa  461  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.72 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.3 
 
 		 402 aa  464  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.93 
 
 		 411 aa  458  9.999999999999999e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.84 
 
 		 404 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  53.1 
 
 		 402 aa  455  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.09 
 
 		 411 aa  456  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.35 
 
 		 403 aa  454  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  50.85 
 
 		 409 aa  454  1.0000000000000001e-126  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  52.18 
 
 		 411 aa  449  1e-125  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.32 
 
 		 407 aa  449  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  52.61 
 
 		 402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.61 
 
 		 402 aa  442  1e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.58 
 
 		 409 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  51.84 
 
 		 406 aa  435  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  50 
 
 		 405 aa  421  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  49.39 
 
 		 412 aa  410  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.39 
 
 		 412 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.31 
 
 		 429 aa  303  3.0000000000000004e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.71 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.71 
 
 		 415 aa  293  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  39.71 
 
 		 417 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.6 
 
 		 438 aa  291  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.79 
 
 		 433 aa  285  8e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.42 
 
 		 451 aa  285  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.72 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.42 
 
 		 415 aa  281  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.04 
 
 		 450 aa  276  5e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.44 
 
 		 399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.48 
 
 		 399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.48 
 
 		 399 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.72 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.93 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  32.77 
 
 		 382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  33.41 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  33.17 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  33.09 
 
 		 382 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  32.04 
 
 		 384 aa  210  3e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  32.45 
 
 		 382 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  32.69 
 
 		 382 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  33.66 
 
 		 382 aa  207  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  32.45 
 
 		 382 aa  207  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  33.41 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  33.41 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  33.41 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  33.17 
 
 		 382 aa  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  32.93 
 
 		 382 aa  203  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  32.93 
 
 		 382 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  32.93 
 
 		 382 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  33.09 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.25 
 
 		 382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  32.37 
 
 		 382 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 		 381 aa  199  6e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.09 
 
 		 382 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>