More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0173 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2823  MSHA biogenesis protein MshE  60.29 
 
 
575 aa  655    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3832  type II secretion system protein E  64.45 
 
 
586 aa  734    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0461846  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4573  MSHA biogenesis protein MshE  65.6 
 
 
570 aa  753    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03695  hypothetical protein  59.93 
 
 
574 aa  660    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0511  type II secretion system protein E  64.62 
 
 
586 aa  733    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4109  MSHA biogenesis protein MshE  64.1 
 
 
586 aa  729    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4414  type II secretion system protein E  63.75 
 
 
585 aa  744    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0327101  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00254  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshE (pilus type IV)  63.12 
 
 
570 aa  748    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002371  MSHA biogenesis protein MshE  61.03 
 
 
574 aa  672    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46391  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0563  type II secretion system protein E  63.75 
 
 
586 aa  720    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0547  type II secretion system protein E  63.46 
 
 
584 aa  740    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0388  MshA biogenesis protein MshE  58.54 
 
 
594 aa  665    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000356112  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0487  type II secretion system protein E  64.8 
 
 
586 aa  735    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0457  MSHA biogenesis protein MshE  64.51 
 
 
587 aa  744    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1138  type II secretory pathway, ATPase  56.41 
 
 
582 aa  641    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3344  type II secretion system protein E  62.83 
 
 
586 aa  702    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0160309  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0756  type II secretion system protein E  60.92 
 
 
589 aa  695    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  100 
 
 
637 aa  1300    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3483  type II secretion system protein E  64.45 
 
 
586 aa  730    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3765  type II secretion system protein E  64.1 
 
 
577 aa  740    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.238087  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0469  type II secretion system protein E  64.45 
 
 
586 aa  730    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  64.45 
 
 
586 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3748  type II secretion system protein E  62.87 
 
 
586 aa  733    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.307926  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0508  type II secretion system protein E  64.62 
 
 
586 aa  733    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.344725  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  59.54 
 
 
574 aa  668    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3660  type II secretion system protein E  64.45 
 
 
586 aa  731    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  54.66 
 
 
612 aa  628  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3360  type II secretion system protein E  54.51 
 
 
585 aa  588  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  51.69 
 
 
569 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3097  type II secretion system protein E  51.38 
 
 
578 aa  558  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  50.36 
 
 
577 aa  559  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  46.03 
 
 
553 aa  470  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  43.85 
 
 
558 aa  463  1e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  43.73 
 
 
558 aa  459  9.999999999999999e-129  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  43.29 
 
 
553 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  42.56 
 
 
570 aa  443  1e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  41.64 
 
 
570 aa  443  1e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  41.7 
 
 
564 aa  443  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.17 
 
 
571 aa  445  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  41.14 
 
 
555 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  42.68 
 
 
561 aa  436  1e-121  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  40.79 
 
 
553 aa  436  1e-121  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  41.01 
 
 
556 aa  434  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  40.72 
 
 
871 aa  433  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  40.56 
 
 
577 aa  431  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1156  type II secretion system protein E  41.86 
 
 
591 aa  431  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  41.55 
 
 
568 aa  427  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  41.42 
 
 
573 aa  429  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  40.21 
 
 
787 aa  427  1e-118  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  40.46 
 
 
571 aa  426  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  41.39 
 
 
571 aa  428  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  42.1 
 
 
568 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.24 
 
 
568 aa  421  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  40.71 
 
 
566 aa  421  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1166  type II secretion system protein E  41.91 
 
 
572 aa  420  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.81 
 
 
568 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  41.21 
 
 
558 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  41.31 
 
 
568 aa  419  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.81 
 
 
568 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  41.81 
 
 
568 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  40.14 
 
 
561 aa  417  9.999999999999999e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.29 
 
 
568 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  39.71 
 
 
557 aa  416  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.93 
 
 
568 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  39.65 
 
 
567 aa  413  1e-114  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0426  type II secretion system protein E  39.89 
 
 
577 aa  412  1e-114  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0285266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  41.04 
 
 
568 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  39.54 
 
 
561 aa  415  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  39.39 
 
 
557 aa  412  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  40.75 
 
 
554 aa  412  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  40.43 
 
 
562 aa  412  1e-113  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  42.01 
 
 
603 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  41.53 
 
 
564 aa  407  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  41.02 
 
 
565 aa  409  1.0000000000000001e-112  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2272  secretion system protein E  39.86 
 
 
563 aa  408  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.47 
 
 
563 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  41.62 
 
 
553 aa  400  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  43.59 
 
 
520 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  40.65 
 
 
559 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1792  type II secretion system protein E  39.43 
 
 
573 aa  397  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4160  general secretory pathway protein E  42.17 
 
 
578 aa  399  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00895585 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  41.37 
 
 
561 aa  398  1e-109  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  39.36 
 
 
568 aa  396  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.45 
 
 
568 aa  396  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3083  type II secretion system protein E  42.2 
 
 
550 aa  394  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0750364 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1731  type II secretion system protein E  37 
 
 
561 aa  393  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0239334 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  41.76 
 
 
520 aa  393  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0641  type II secretion system protein E  38.9 
 
 
560 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1028  type II secretion system protein E  39.75 
 
 
568 aa  393  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328232 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29490  putative type II secretion protein  40.35 
 
 
575 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3473  response regulator receiver domain-containing protein  40.23 
 
 
823 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  40.55 
 
 
599 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  40.73 
 
 
599 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16170  type II secretion system protein E, GspE  39 
 
 
569 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0547  ATPase, type IV pilus assembly protein PilB  38.16 
 
 
565 aa  386  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  40.55 
 
 
599 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  44.14 
 
 
514 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  43.49 
 
 
520 aa  385  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  37.89 
 
 
885 aa  384  1e-105  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  43.3 
 
 
520 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>