More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0154 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  56.91 
 
 
571 aa  668    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  55.76 
 
 
576 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  55.23 
 
 
560 aa  648    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  54.68 
 
 
562 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  54.87 
 
 
560 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  56.36 
 
 
571 aa  658    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  54.41 
 
 
576 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  55.45 
 
 
564 aa  674    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  58.92 
 
 
578 aa  705    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  54.56 
 
 
570 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  54.41 
 
 
576 aa  640    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2607  AMP-binding domain protein  58.56 
 
 
570 aa  697    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  54.56 
 
 
576 aa  641    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  54.45 
 
 
557 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  54.41 
 
 
576 aa  640    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  55.35 
 
 
578 aa  651    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  54.45 
 
 
575 aa  648    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1679  AMP-binding domain protein  59.46 
 
 
570 aa  707    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  54.32 
 
 
564 aa  669    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  58.2 
 
 
570 aa  695    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  54.41 
 
 
576 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  55.58 
 
 
565 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  54.08 
 
 
575 aa  645    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  55.19 
 
 
558 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  58.2 
 
 
570 aa  695    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0344  AMP-binding domain protein  56.31 
 
 
562 aa  667    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.100012  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  56.78 
 
 
571 aa  669    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  54.38 
 
 
576 aa  634    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0580  AMP-binding domain protein  55.82 
 
 
576 aa  687    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.566618  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3833  AMP-binding domain protein  55.99 
 
 
601 aa  642    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4161  AMP-binding domain protein  56.35 
 
 
577 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  55.68 
 
 
576 aa  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  54.81 
 
 
575 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  58.2 
 
 
570 aa  695    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  55.17 
 
 
557 aa  656    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0252  AMP-binding domain protein  54.66 
 
 
564 aa  679    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  56.76 
 
 
576 aa  688    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  54.95 
 
 
570 aa  652    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  54.48 
 
 
575 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2679  AMP-binding domain protein  55.45 
 
 
561 aa  642    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180976  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  54.45 
 
 
575 aa  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  54.31 
 
 
557 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5975  AMP-binding domain protein  57.04 
 
 
572 aa  635    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3045  AMP-binding domain protein  58.04 
 
 
578 aa  665    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
566 aa  1186    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2285  AMP-binding domain protein  59.64 
 
 
570 aa  711    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0389499  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  59.46 
 
 
570 aa  709    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2503  AMP-binding domain protein  57.99 
 
 
568 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  55.42 
 
 
560 aa  646    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  54.45 
 
 
575 aa  648    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  55.35 
 
 
576 aa  649    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  55.64 
 
 
564 aa  656    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  54.45 
 
 
575 aa  640    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  60.18 
 
 
574 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  56.83 
 
 
560 aa  655    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2475  AMP-binding domain protein  59.64 
 
 
574 aa  710    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  0.707205 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2319  AMP-binding domain protein  54.56 
 
 
565 aa  650    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770298  normal  0.0254377 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  60.86 
 
 
573 aa  724    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  54.41 
 
 
576 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  55.48 
 
 
562 aa  687    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4355  AMP-binding domain protein  56.65 
 
 
577 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0470  AMP-binding domain protein  55.38 
 
 
579 aa  639    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.500012  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3764  AMP-binding domain protein  57.86 
 
 
578 aa  664    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1813  AMP-binding domain protein  53.87 
 
 
560 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.659175  normal  0.258259 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01449  AMP-binding domain protein  53.53 
 
 
579 aa  625  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.300352  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2068  AMP-binding domain protein  53.69 
 
 
596 aa  622  1e-177  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2361  AMP-dependent synthetase and ligase  53.15 
 
 
550 aa  620  1e-176  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.727031  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  51.34 
 
 
587 aa  617  1e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0308  AMP-binding domain protein  52.42 
 
 
584 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0339  AMP-binding domain protein  52.42 
 
 
602 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0354  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 
576 aa  601  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.725771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  53.26 
 
 
543 aa  601  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  53.06 
 
 
596 aa  600  1e-170  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 
566 aa  595  1e-169  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.404945  normal  0.888891 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1627  AMP-dependent synthetase and ligase  51.1 
 
 
571 aa  591  1e-168  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  51.62 
 
 
539 aa  592  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  52.09 
 
 
544 aa  591  1e-167  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  49.45 
 
 
552 aa  587  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5134  AMP-binding domain protein  52.17 
 
 
518 aa  586  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0657606  normal  0.735688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  51.09 
 
 
579 aa  585  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1086  AMP-dependent synthetase and ligase  49.73 
 
 
566 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3209  AMP-binding domain protein  50.45 
 
 
546 aa  582  1.0000000000000001e-165  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.609491  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  49.82 
 
 
538 aa  582  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  50.63 
 
 
546 aa  582  1.0000000000000001e-165  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1032  AMP-dependent synthetase and ligase  48.04 
 
 
566 aa  580  1e-164  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  51.65 
 
 
540 aa  580  1e-164  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  51.65 
 
 
540 aa  580  1e-164  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  48.99 
 
 
549 aa  580  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  51.65 
 
 
540 aa  580  1e-164  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  49.82 
 
 
538 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  48.81 
 
 
549 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  51.54 
 
 
549 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  49.45 
 
 
560 aa  571  1e-161  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  49.01 
 
 
546 aa  568  1e-161  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3937  AMP-binding domain protein  49.54 
 
 
539 aa  570  1e-161  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.104158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  49.81 
 
 
552 aa  571  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  50.73 
 
 
552 aa  566  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  48.14 
 
 
549 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  50.54 
 
 
551 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  49.36 
 
 
1043 aa  564  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>