More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0149 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2580  TonB-dependent receptor  52.02 
 
 		 806 aa  786    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531005  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03169  TonB-dependent receptor  85.89 
 
 		 797 aa  1407    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2328  TonB-dependent receptor  61.74 
 
 		 786 aa  941    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0149  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 802 aa  1613    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0289902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4751  TonB-dependent receptor  60.94 
 
 		 795 aa  943    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0405819 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 763 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0931  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 747 aa  257  7e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5246  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 762 aa  245  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.751713 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1673  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 757 aa  246  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  26.61 
 
 		 771 aa  238  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2612  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 807 aa  230  7e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  28.75 
 
 		 822 aa  225  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 802 aa  224  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  28.59 
 
 		 784 aa  220  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 780 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 742 aa  216  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 791 aa  215  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3941  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 792 aa  212  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 781 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2226  TonB-dependent receptor, plug  26.65 
 
 		 785 aa  208  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0767  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 883 aa  208  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000108797  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0535  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 808 aa  203  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 780 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0686  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 777 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4347  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 795 aa  198  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3471  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 788 aa  196  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104245  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02386  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 886 aa  196  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00704542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 753 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 734 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 798 aa  194  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3168  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 795 aa  194  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.43685  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  25.98 
 
 		 889 aa  187  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2420  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 777 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.180435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1676  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 875 aa  181  5.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233734  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  26.92 
 
 		 856 aa  180  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 712 aa  174  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2426  TonB-dependent receptor plug  27.75 
 
 		 804 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812429  normal  0.91606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2647  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 847 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.492144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3036  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 904 aa  167  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.637497  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2711  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 766 aa  166  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.918859  normal  0.60729 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1050  TonB-dependent receptor, plug  26.51 
 
 		 830 aa  165  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.908027 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2650  TonB-dependent receptor, plug  25.32 
 
 		 846 aa  164  8.000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 713 aa  158  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 764 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 747 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 720 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 769 aa  150  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 794 aa  148  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4206  TonB-dependent receptor  22.84 
 
 		 752 aa  147  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.315685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 704 aa  140  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 729 aa  137  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 763 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  25.15 
 
 		 767 aa  134  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 746 aa  134  7.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 738 aa  133  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 732 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 734 aa  132  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4008  TonB-dependent receptor plug  29.44 
 
 		 365 aa  131  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.139697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  24.46 
 
 		 809 aa  131  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1502  TonB-dependent receptor, plug  34.18 
 
 		 801 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 723 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 822 aa  129  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 803 aa  128  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 718 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 758 aa  128  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 762 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 798 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 732 aa  126  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 792 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 702 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 790 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 778 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 815 aa  125  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 751 aa  124  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 774 aa  124  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2505  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 747 aa  124  9e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00363103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 780 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 769 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 703 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 731 aa  122  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  24.54 
 
 		 776 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 743 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 778 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 743 aa  121  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  24.84 
 
 		 741 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 903 aa  120  7.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 763 aa  120  9e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 749 aa  119  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 737 aa  118  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2701  TonB-dependent receptor, plug  24.78 
 
 		 822 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 735 aa  118  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4738  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 756 aa  117  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  22.99 
 
 		 797 aa  117  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 808 aa  117  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.39 
 
 		 755 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 687 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.15 
 
 		 715 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 782 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 774 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 786 aa  115  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>